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hmmer 软件使用
不可不知的代谢基因簇分析
软件
——antiSMASH
答:
antiSMASH是一款顶尖的
软件
,用于发现代谢基因簇,尤其在生物合成酶基因簇中,基于特定模型,它能准确鉴定所有已知的次级代谢基因簇。在antiSMASH中,次级代谢基因簇被分为24类。
使用
antiSMASH需要准备一系列基础软件,包括ncbi-blast+、
hmmer
、glimmer3、GlimmerHMM和muscle。安装这些软件后,便可以启动antiSMASH,...
hmmer软件
,怎么将fasta格式文件转换为sto格式
答:
import glob # 都是标准库的东西import os# 把你想建hmm的fasta文件(比对好的)和本程序放在同一个文件夹里,然后运行本程序直接跑hmmbuildos.chdir(os.path.dirname(__file__))fs = glob.glob('*.fasta') # 获取每个fasta文件,如果你的fasta文件里有不是.fasta后缀名的,可以改这里,或者直接...
网上的生物信息学资源都有哪些
答:
Pfam:蛋白家族库。可以
使用
配套的
HMMER
进行搜索。比BLAST能找到更远缘的东西,而且找到的东西是结构域。Rfam:RNA的,类似Pfam。RDP:16S rRNA库。除了序列,它还有一个基于K-mer naive Bayesian model的rdp classifier,可以对输入序列进行物种分类,效率和准确性较直接使用BLAST更高。GreenGenes:也是16S库...
从事生物信息学的科研人员有哪些技术背景
答:
4、数据库和数据管理:生物信息学研究而要处理和管理大量的生物数据,对于数据库的设计和数据管理有一定的了解是必要的。熟悉常见的生物信息学数据库如GenBank、UniProt等,并了解SQL语言和数据库管理系统的
使用
。5、生物信息学工具和
软件
熟悉生物信息学领域常用的的工具和软件,如BLAST、MUSCLE、
HMMER
等,以...
国产CPU命名为什么?
答:
现在国产处理器有6种,分别为飞腾、鲲鹏、海光、龙芯、兆芯、申威。
网上的生物信息学资源都有哪些
答:
Pfam:蛋白家族库。可以
使用
配套的
HMMER
进行搜索。比BLAST能找到更远缘的东西,而且找到的东西是结构域。Rfam:RNA的,类似Pfam。RDP:16S rRNA库。除了序列,它还有一个基于K-mer naive Bayesian model的rdp classifier,可以对输入序列进行物种分类,效率和准确性较直接使用BLAST更高。GreenGenes:也是16S库...
网上的生物信息学资源都有哪些
答:
Pfam:蛋白家族库。可以
使用
配套的
HMMER
进行搜索。比BLAST能找到更远缘的东西,而且找到的东西是结构域。Rfam:RNA的,类似Pfam。RDP:16S rRNA库。除了序列,它还有一个基于K-mer naive Bayesian model的rdp classifier,可以对输入序列进行物种分类,效率和准确性较直接使用BLAST更高。GreenGenes:也是16S库...
网上的生物信息学资源都有哪些
答:
Pfam:蛋白家族库。可以
使用
配套的
HMMER
进行搜索。比BLAST能找到更远缘的东西,而且找到的东西是结构域。Rfam:RNA的,类似Pfam。RDP:16S rRNA库。除了序列,它还有一个基于K-mer naive Bayesian model的rdp classifier,可以对输入序列进行物种分类,效率和准确性较直接使用BLAST更高。GreenGenes:也是16S库...
网上的生物信息学资源都有哪些
答:
Pfam:蛋白家族库。可以
使用
配套的
HMMER
进行搜索。比BLAST能找到更远缘的东西,而且找到的东西是结构域。Rfam:RNA的,类似Pfam。RDP:16S rRNA库。除了序列,它还有一个基于K-mer naive Bayesian model的rdp classifier,可以对输入序列进行物种分类,效率和准确性较直接使用BLAST更高。GreenGenes:也是16S库...
国外与生物信息学相关的网站有哪些
答:
Pfam:蛋白家族库。可以
使用
配套的
HMMER
进行搜索。比BLAST能找到更远缘的东西,而且找到的东西是结构域。Rfam:RNA的,类似Pfam。RDP:16S rRNA库。除了序列,它还有一个基于K-mer naive Bayesian model的rdp classifier,可以对输入序列进行物种分类,效率和准确性较直接使用BLAST更高。GreenGenes:也是16S库...
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