农村义务教育学生营养改善计划的食品安全保障管理，遵循“政府主导、部门合作，分级管理、以县为主”的原则，确保食品安全。各级政府在食品安全工作中扮演重要角色。
省级政府负责统筹全省食品安全，制定保障办法，组织宣传教育和应急预案制定，监督各部门履行职责，规划学校食堂建设和改善就餐条件。
市级政府则协调指导食品安全，强化对县级政府和相关部门的监督，确保食品安全监管到位。
县级政府作为食品安全工作的行动主体，需制定实施方案，确定供餐模式，组织招投标并指定专门机构监管。定期检查，确保各部门依法监管。
各监管部门具体分工明确：食品安全议事协调机构综合协调，农业部门监管农产品生产，工商部门管理主体资格和食品流通，质检部门负责生产加工监管，卫生部门负责风险监测与救治，食品药品监管负责餐饮服务监管并指导学校管理。
学校食品安全由校长负责，制定应急预案，接受食品药品监管部门指导。不具备食堂条件的学校需从政府推荐名单中选择供餐单位，并签订合同明确责任。
供餐企业和家庭必须严格遵守食品安全法规，建立自我管理机制，接受社会监督。同时，鼓励社会团体、基层组织、企业等参与改善计划，共同提升食品安全水平和就餐条件。
2012年5月23日，教育部、中宣部等十五部门以教财〔2012〕2号印发《农村义务教育学生营养改善计划食品安全保障管理暂行办法》。该《暂行办法》分总则、组织领导和职责分工、供餐准入及退出管理、食品安全管理、食品安全事故应急处理、监督检查、责任追究、附则8章30条，自印发之日起施行。