百年前，满洲里地区是一片广袤的草原，被称为“霍勒金布拉格”，蒙语的意思是旺盛的泉水。满洲里海关设关源于一个不平等条约，即1896年6月李鸿章与俄签订的《中俄御敌相互援助条约》，允许俄国修筑从俄赤塔到中国绥芬河附近的中东铁路，从1897年铁路动工到1903年正式运营，满洲里地区的外贸活动逐渐增多，直到1908年正式设关。当时，关税自主权和海关管理权完全掌控在外国人手中，海关成为帝国主义进行经济掠夺的工具。辛亥革命后，清政府结束统治，帝国主义夺取了海关税款收支权，中国海关主权完全丧失。值得一提的是，1930年欧亚航空公司满洲里——伊尔库斯科航线开通，海关开展国际邮件监管工作，成为满洲里口岸国际航空监管业务的始祖。九·一八事变后，日本侵占了东北三省，1932年6月26日满洲里分关被伪满洲国接收，开始执行伪满洲国财政部的政令和税则，直到1945年，苏联红军进驻满洲里，日本战败投降，其间长达13年的时间满洲里分关处在日本人统治的黑暗时期。进入解放战争时期，东北民主联军西满军区驻满办事处接管了满洲里海关的业务管辖权。1949年1月3日，人民政权下属的满洲里关税局正式成立，承担了中苏进出口货物的监管征税任务，有力地支援了全国的解放。
进入社会主义建设时期，满洲里海关发生了翻天覆地的变化，伴随着中华人民共和国的诞生，海关总署成立，海关的主权真正掌握在自己的手里。1950年，满洲里关税局改称满洲里海关。同年2月，满洲里海关开始对进出境旅客行李物品和进出口货物进行监管。50年代初，由于帝国主义阵营对中国经济进行封锁和禁运，我国各海关的监管业务微乎其微。在那段特殊时期，中苏铁路实现联运，满洲里口岸进出口货运量急剧增多，大量的生活物资、军用物资及大型设备在满洲里口岸通关，为抗美援朝战争、国民经济恢复和社会主义建设做出巨大贡献。
1952年——1955年，满洲里口岸的进出口货运量位居全国海关第一位。其中，1955年监管货运量曾一度达到418万吨，相当于上世纪90年代末年均监管货运量。在那段特殊的历史时期，响应干部支援边疆的号召，山东、辽宁等地海关分别派员支援满洲里关。仅1950年一年，调入满洲里关的人员达72人。
1955年，为筹备集宁、二连浩特关建关，海关总署从各地海关选调67名干部到满洲里关接受培训，根据上级老关支援新关、新关照顾老关的指示，由上级决定将调来学习的16名干部留在满洲里关工作。这些留下来的干部带着一份对党、对国家赤诚的情感来到满洲里，带着时代赋予的衷心和诚挚，带着视死如归、感天动地的豪情，不断适应艰苦的工作环境，踏实安稳的工作于此，并在此组建家庭、落地生根。他们到了满洲里关后发挥各自的才干，在1964年自发研制了一台整流式X光机人身检查仪，可以检查出旅客随身藏匿的一些走私物品，相当于我们现在使用的电子门，成为满洲里关最早的科技设备。通过这台设备，满洲里关查获了旅客进境携带藏匿不报的羚羊角、手表、鸦片等。
60年代，由于中苏关系恶化，满洲里海关的工作陷入了一个历史性低潮时期。文革时期，满洲里关的领导体制被下放到最低点，归满洲里市革委会管理。当时海关的工作方针由经济政治保卫变为政治经济保卫，满洲里关的征税统计工作被迫中断，监管工作正常进行，主要是揭发检举货运事故。
党的十一届三中全会后，全国工作重点转移到经济建设，满洲里海关工作也随之发生重大变化。1982年后，满洲里口岸成为中国对原苏联贸易的主要渠道。1992年，随着满洲里市被国务院批准为延边开放城市，满洲里海关业务量随之急剧增大，各项工作步入规范化轨道。2002年6月，在上海召开的全国口岸大通关会议上，把满洲里口岸列为国家优先发展、重点建设的13个口岸之一，其中，满洲里铁路口岸是重点建设的两大铁路口岸之一。
进入21世纪的满洲里海关积极贯彻科学治关理念，忠实履行把关服务职责，全面准确、创造性地落实海关工作16字方针，业务工作不断整合创新，综合治税大格局初步形成，严密监管与高效运作深入融合，税收征管、打击走私等工作成效显著.为积极打造便捷的通关高速路，对进口的原油、化肥和出口的汽车、果菜等设立 绿色通道，确保货物随到随申报，随报随查验，随验随放行，实现了无障碍通关，进出口货物的通关速度大大提高。多年的改革实践，满洲里海关各项业务指标成倍增长。2003年，监管货运量首次突破1000万吨，到2007年已突破2400万吨；税收入库则从2003年的20亿元跃升为2007年的79亿元，实现了历史性跨越。2008年，满洲里海关各项业务指标继续刷新，1-7月份，税收入库已突破60亿元，预计年底过百亿。
满洲里口岸的百年历史，是一部艰苦奋斗、无私奉献的创业史，是一部前仆后继、呕心沥血的建设史，更是一部团结拼搏、继往开来的发展史！新的历史时刻开启新的发展征程，满洲里海关在把关与服务齐抓并举的基础上，将以更加饱满的热情、更加坚定的决心、更加过硬的作风投入到国家建设的大局中，提高通关效率、强化有效监管、服务地方经济、促进贸易发展，成为满洲里海关新时代的主题曲。
