拟订全市水利发展战略、中长期规划和年度计划，拟订流域性、区域性水利规划、边界水利规划、市重点水利工程规划，并监督实施；拟订市级水利固定资产投资计划；负责全市水利投资计划的综合平衡和审查；负责全市大中型水利基建项目立项申报及项目建议书和可行性研究报告的核准工作；负责全市水利综合统计工作。
水资源处（市节约用水办公室）
负责全市水资源统一管理、保护和监督工作，落实最严格的水资源管理制度，严守开发利用红线，用水效率红线，限制纳污红线；负责全市计划用水、节约用水工作；拟定全市和跨县区水中长期供求计划和水量分配方案并监督实施；拟定水资源保护规划、节约用水规划和城市供水水源规划，制定并监督实施有关标准；组织实施取水（含矿泉水、地热水）许可制度和水资源有偿使用制度；指导再生水等非传统水资源开发利用工作；组织水功能区的划分和向饮水区等水域排污的控制；指导入河排污口设置保护工作；监测江河湖库的水量、水质，审定水域纳污能力，提出限制排污总量的意见；指导饮用水水源保护工作，按规定提出饮用水源地设置方案；与有关部门共同做好水利工程管理范围内设置排污口的审核工作；编发全市水资源公报和水质监测简报；协助水资源各项成果的审定。 （市水利工程建设招标投标管理办公室、市水利工程建设项目稽察办公室）
指导全市水利基本建设工作；负责水利建设工程项目招标、投标活动的监督管理和水利工程建设市场的诚信体系建设工作；负责省水利优质工程的初审推荐；负责对市水利类企业资质及执业人员资格进行初审；负责市重点水利工程建设项目稽察；组织或协助做好全市重点水利建设项目的市级验收；指导全市水利建设工程质量安全管理和安全监督工作；指导各级水利工程建设安全监督机构工作；负责全市水利科学技术发展规划；组织重大水利科学技术研究和推广；组织水利科技成果鉴定和评奖工作；组织执行水利行业质量技术标准和水利工程规程、规范，制定有关补充标准、规程和规范；指导全市水利科技工作；负责全市水利科学技术普及与宣传工作。
农村水利处（市水土保持办公室）
拟订农村水利中长期规划和年度计划；组织指导全市农村水利工作和农村水利服务体系的建设；指导灌区管理、节水灌溉、机电排灌、乡镇供水、人畜饮水、小水电和农村河道疏浚整治工作；指导农田水利建设工作和丘陵山区小流域治理工作；组织指导全市水土保持工作，拟定水土保持规划和计划并组织实施；组织水土流失的监测和水土流失综合治理；负责水土保持方案审批和水土保持设施的验收工作。 负责机关和直属单位的机构编制、调配、工资、干部培训、任免奖惩、职称评聘等工作；指导全市水利系统队伍建设。负责机关和直属单位因公出国（境）人员政审工作；负责机关干部和直属单位科级以上干部的管理工作。
南京市人民政府防汛防旱指挥部办公室
其主要职责是：组织、协调全市防汛防旱工作，承办市防汛防旱指挥部的日常工作；按照国家和省防汛防旱指挥部的指示，对流域性河道和重要水利工程实施防汛防旱调度；负责全市重点防汛岁修、防汛急办和水利工程养护计划安排及实施；指导全市防汛防旱系统的建设与管理。 负责机关离退休干部工作，指导直属单位的离退休干部工作。
另按有关规定设置纪检监察机构（审计处与其合署）。
