舟山市地名管理办法详细规定了不同层级地名命名与更名的申报与审批流程。首先，市、县、乡等行政区划名称的变更需遵循行政区划管理规定。领海界线的岛礁和外省海域名称的命名与更名，由县（区）政府逐级上报国务院审批。岛屿、礁石等海域自然地理实体，以及以人名命名的地名，需经省政府或省级地名部门审批。
专业部门如风景名胜区、机场等的名称变动，由相关部门提出申请，征求地名管理机构意见后逐级上报。定海、普陀两区重要区域的地名，如街道、重要城市设施，由区政府和市地名管理机构审核后报市政府审批。市级地名管理机构负责审批城区外的开发区一般地名，涉及两个区的还需征求规划部门意见。县（区）政府审批普陀城区的基础设施和社区地名，报市地名管理机构备案。
对于自然村、乡镇等地名，乡镇政府或街道办事处提出意见，经县（区）地名管理机构审批。金塘、六横等镇的审批事项，需经主管部门意见后由镇政府审批并备案。申请流程一般应在选址和规划阶段同步进行，并按规定的权限和程序提交。
地名管理机构和专业部门应在10个工作日内做出审批决定，政府审批的则在30日内。对于重大命名事项，如新区成片地名和重要城市干道，可以由地名管理机构与相关部门共同编制方案直接报政府审批。若申报单位未及时提出方案，地名管理机构可直接编制。
综上，舟山市的地名命名和更名管理严谨有序，确保了地名的合理、规范和统一。
为加强地名的标准化管理，根据国务院《地名管理条例》、民政部《地名管理条例实施细则》和《浙江省地名管理办法》，制定《舟山市地名管理办法》。该《办法》于2004年1月14日以舟山市人民政府令第15公布。《办法》分总则、管理机构、地名的命名和更名原则、地名命名和更名的申报与审批、地名标志的设置与管理、地名的使用、法律责任、附则8章39条，自2004年3月1日起施行。1990年5月29日发布的《舟山市地名管理实施规则》和1993年6月15日发布的《舟山市地名标志管理办法》予以废止。