1、概念性质不同
除了封面颜色的差别之外，红本是全国统一的,由国家建设部监制,叫《中华人民共和国房屋所有权证》是市场商品房房产证，是房产所有权和土地所有权合一的证，红皮的说明该房地产是市场商品房地产，产权人可完全享有该房地产的占有、使用、收益、处分权利；而绿皮的说明该房地产是非市场商品房地产，不得买卖。需抵押或出租的，要按有关规定办理；上述区别仅是形式区别，实质区别应以房产证及房地产登记簿记载的内容为准。
绿本房产证全称《房地产所有权证》，也叫产权证明，针对的是非市场商品房，如经济适用房、福利房等政策性住房，绿证是全成本商品房和准成本商品房房产证，该类房产的地价是经政府批准，予以减免优惠，其买售系特定的对象。该类房产所有权是受到一定限制的，不得转让和抵押。目前根据有关政策，此类房产经住宅局批准并补交差价，办理手续后准予上市，可转为红色房产证。
2、能否转让、抵押？
红色房产证，表示购房者具有对该房产行使占有、使用、处分的权利，也可以上市交易或者抵押贷款。
绿本房产证的房产，房产所有权是有一定限制的。比如经适房就规定5年内不得交易转让或办理抵押。
只有红色房产证才能办理抵押贷款。当然绿本房产证也可以申请换成红色房产证，经房管局批准补交购房差价，办理相关手续换本后就可以转让或抵押。目前绿本换红色房产证各地政策上有所差异，具体请咨询当地房管局。
蓝本是《集体土地使用证》(如宅基地使用证等)或者在地方政府一定范围内认可的土地使用证(如乡证等).