缙云县人民检察院内设多个部门，各司其职，保证了各项工作的高效运行。首先，办公室负责日常行政事务，包括文秘、会议组织、协调工作，以及档案管理、人民代表联络、机要保密和外事等重要职责。
政治处作为党组办事机构，负责党组秘书工作，承担机关党的建设、队伍建设及思想政治工作，宣传工作和表彰奖励事宜。同时，它还负责干部管理规定实施，领导班子考核和后备干部考察，以及人事劳资和司法警察的培训管理等工作。
侦查监督科主要负责审查批捕、决定逮捕、立案监督等，同时参与社会治安综合治理，分析和掌握地区治安动态。
公诉科则是刑事犯罪案件的公诉部门，包括对贪污贿赂、渎职侵权案件的处理，同时关注社会治安状况并参与综合治理。
反贪污贿赂局和反渎职侵权局分别负责经济犯罪和渎职侵权犯罪的侦查，研究新情况，开展预防犯罪工作。
监所检察科监督刑事案件执行和监管活动，处理发生在监管场所的犯罪案件，以及受理被监管人员的控告申诉。
民事行政检察科监督民事和行政诉讼，对错误判决提出抗诉，并查处审判人员的违规行为。
控告申诉科处理控告、申诉、举报和刑事赔偿事务，确保公正执法和信息公开透明。
行政装备技术科负责机关的财务、装备管理，以及通信和技术鉴定工作，还参与执法大检查和干警技术培训。
最后，法警大队负责司法警察的管理和培训，确保司法秩序的维护，执行检察长交办的任务。
纪检组是政纪监察部门，负责检查法律执行情况，处理检察人员违纪案件，并受理申诉。