2009年的区划改革后，新浦区的行政区域结构包括6个街道、2个镇和2个乡。其中，南城镇面积为3.80平方千米，人口7765人，覆盖了陇海步行街和浦南镇，总面积104平方公里，人口总数为5.4万人。云台乡占地58.12平方千米，人口32971人，而花果山乡则有33.30平方千米，人口15014人。此外，新浦区还有省级农场岗埠农场。
在2013年，连云港市政府针对城市化进程的加速，对行政区划进行了新一轮的调整。这次调整的目标是推动城乡一体化，所有合并调整方案都基于各县区的发展规划和区县未来的发展蓝图。具体到新浦区，有3个乡被调整。花果山乡被撤销，设立新的花果山街道办事处，调整后总面积39.7平方公里，人口减少至2.08万人，下辖7个村民委员会和1个居民委员会。南城镇也被撤销，设立了南城街道办事处，面积4.7平方公里，人口7299人，由3个居民委员会管理。云台乡同样被撤销，改为云台街道办事处，面积扩大至59.5平方公里，人口3.2万人，管辖9个村民委员会和1个居民委员会。
经过这次调整，新浦区的乡镇结构从原来的6个街道、2个镇、2个乡，变为现在的9个街道、1个镇。这包括浦东街道、浦西街道、新东街道、新南街道、路南街道、新海街道、花果山街道、南城街道、云台街道，以及云台农场和岗埠农场等单位。
新浦区，是连云港市的政治、经济、文化中心。辖区面积417.73平方公里，人口45.89万人。下辖3个乡、2个镇、6个街道办事处及1个林场，国有云台农场、岗埠农场分布于境内。