叶元龙作为重庆大学第三任校长，1938年10月-1941年7月在任。
胡庶华辞职后，叶元龙教授接替了重大校长职位，一到任，马上抓了两件大事。一件是“重庆沙坪文化区自治委员会”的改组活动，一件是重庆大学省立申改国立的促进工作。
1939年1月30日，重庆大学会议厅举行了“重庆沙坪文化区自治委员会”改组扩大会。这次会议由叶元龙派出的代表沈重宇主持，认真讨论了新的组织草案，并扩大改组，重新将该会定名为“巴县沙坪文化区社会事业促进会”。选出叶元龙、王韬甫(巴县县长)、罗家伦(中央大学校长)、周越浩(金城银行沙坪坝办事处主任)、潘仰山(豫丰纱厂经理)为该委员会的常务委员，叶元龙为主任委员、王韬甫为副主任委员。
在抗战烽火中，重庆大学积极投入宣传的洪流，为民众觉醒和社会发展作出巨大的努力。在日寇重压下，国民党二号人物、国民参政会议长汪精卫汉奸集团叛国投敌，卖身求荣，叶元龙校长率全校教职员工发出《阐明国是声讨汉奸》的电文，对其卖国行为作了深刻揭露和无情抨击。电文指出，“立国之本，在于文化与教育。……今日誓死抗战之意识植基于此，将来无穷建国之大业，亦植基于此”。当时，沙磁地区各界纷纷举行以“讨逆锄奸”为主旨的活动，冯玉祥将军倡导发起“捐款建墓铸逆”运动。重庆大学师生热烈响应，走上街头，向民众散发讨汪传单。
当时教育部久有大学国立的规定，而且数年之间，东北大学、山东大学、厦门大学、湖南大学、云南大学等皆先后改为国立，省立大学所剩无几。宣言呼吁政府公鉴，改重庆大学为国立，以获发展之规模，以应抗建之需求。然而，宣言递送国民政府最高当局蒋介石手中，答复是“应暂缓议”，便搁了下来。直到1942年12月29日，行政院才通过将重庆大学改为国立。
他在重庆大学当校长期间，聘请了多位著名学者。工学院院长由著名无线电专家冯简担任，理学院院长由著名数学家何鲁担任，商学院院长由著名经济学家马寅初担任。延聘任教的著名学者有：潘序伦、柯召、李四光、段调元、俞建章、朱森、毛鹤年、丁洪范、朱祖晦、柱国璋、张圣奘、傅丽夫、刘觉民、罗蜇潭、叶谦吉等……
