上世纪80年代，29路开通投入运营（软件园生产基地站←→厦大站）。
1、沿途站点：上行:软件园二期站、岭兜小区、岭兜一里、开元文体楼、前埔南区、南区农贸、店上西里、污水厂、会展中心、黄厝石胄头、椰风寨、黄厝海滨、海韵台、塔头、台湾民俗村、白石、曾山、曾厝垵、曾厝垵小学、珍珠湾、名仕、海滨宿舍、胡里山、厦大白城、厦大医院、厦大西村、厦大站。下行:厦大站、厦大西村、厦大医院、厦大白城、名仕、珍珠湾、曾厝垵小学、曾厝垵、曾山、白石、台湾民俗村、塔头、海韵台、黄厝海滨、椰风寨、黄厝石胄头、会展中心、前埔污水厂、店上西里、南区农贸、前埔南区、开元文体楼、岭兜一里、岭兜小区、软件园二期站。
2、首末班时间：软件园生产基地站首班06:28 末班21:30，厦大站首班06:17 末班21:30 。
2007年05月26日起，文兴东路原“污水厂站”更名为“前埔污水厂站”。
2004年03月27日，2004厦门国际马拉松赛公交线路调整方案，为了保证国际马拉松赛的正常进行，27日，市公交总公司将于当天临时调整，在当日7时至15时交通管制期间，将29路公交线路暂时停运。
2009年05月16日15:00-22:00，因会展南路禁止车辆通行，29路改由前埔东路（前埔南路）、文兴东路、会展南二路往会展中心车站或往环岛路运行，并按此线路返回。
2010年08月23日起，29路与503路两条线路整合，定为29路（软件园站←→经石村←→轮渡站）。整合后的29路车由中巴车型调换为大型公交车，高峰时段七八分钟一班，平峰时段约10分钟一班。
1、线路走向：软件园经前埔东路、前埔中路、前埔路、前埔南路、文兴东路、前埔东路、莲前东路、会展路、会展南路、环岛东路、环岛南路、大学路、演武路、思明南路、镇海路、鹭江道到轮渡（往返一致）。
2、沿途站点：上行:软件园→岭兜小区→岭兜一里→石村→北区一里→华林花园→南区一里→前埔南区→前埔村→明发新城→会展中心→黄厝石胄头→椰风寨→朗纳中专→黄厝海滨→海韵台→塔头→台湾民俗村→曾山→曾厝垵→曾厝垵小学→珍珠湾→名仕→海滨宿舍→胡里山→厦大白城→厦大医院→厦大西村→博物馆→大生里→妇幼保健院→海滨大厦→轮渡（邮电局）。下行:轮渡（邮电局）→和平码头→妇幼保健院→镇海路→大生里→博物馆→理工学院→厦大西村→厦大医院→厦大白城→胡里山车站→名仕→珍珠湾→曾厝垵小学→曾厝垵→曾山→台湾民俗村→塔头→海韵台→黄厝海滨→朗纳中专→椰风寨→黄厝石胄头→会展中心→明发新城→前埔村→前埔南区→南区一里→华林花园→北区一里→石村→岭兜一里→岭兜小区→软件园。
3、首末班时间为：软件园首班06:00末班23:05；轮渡首班06:40末班23:40。
2010年08月28日第五届全国特奥运动会火炬传递将在厦门进行。上午07：30-10：30，会展一带将交通管制。受此影响，29路公交线路运营方案有调整。上下行均避行会展路和会展南路，改为经前埔东路、文兴东路、会展南二路（环岛路）、会展中心公交停车场。
2010年09月06日至09月09日，该处已制订第二届世界投资论坛、第十四届投洽会期间公交线路调整方案。每日07:00—20:00时，会展中心及会展南路、会展路、会展北路、莲前东路的前埔东路口至会展路口路段禁止车辆通行。会展中心及周边线路调整方案为，厦门公交集团的29路线路往会展中心及环岛路运行的公交线路：双向避行会展路和会展南路，全部改经前埔东路、文兴东路、会展南二路（环岛路）运行。
2010年10月15日至12月07日，环岛干道（文曾路—厦大段）白城高架桥进行封闭施工，厦门公交集团开元公司29路公交线路：由环岛路行驶进入大学路方向需改道绕行演武大桥，大学路往环岛路方向运行线路不变。单向减停站点：厦大医院站。
2010年11月19日起，因思明南路（寿山路—成功大道）路面工程改造施工，施工期间思明南路该路段改为单向通行，29路公交线路需改道绕行，具体如下：
第一阶段：2010年11月23日至12月21日，东侧施工道路封闭。
调整方案：29路线路由厦大往镇海路方向行至思明南路成功大道路口，改为左转成功大道，经民族路、镇海路接原线路运行。返程运行不变。单向减停：妇幼保健院站；单向增停：外贸宿舍站。
第二阶段：2010年12月22日至2011年01月20日，西侧施工道路封闭。
调整方案：以上线路由镇海路往厦大方向行至思明南路寿山路口，改为右转寿山路，经民族路、成功大道、思明南路接原线路运行。返程运行不变。单向减停：大生里、博物馆站；单向增停：外贸宿舍站。
2010年12月01日起，29路公交线路增停新设的“前埔中路站”公交停靠站。
2011年02月28日至03月30日因环岛干道（文曾路—厦大段）白城桥钢箱梁吊装施工期间，为确保安全，大学路（环岛路往演武路方向）实施单向封闭。涉及的29路公交线路调整方案：由环岛路往演武路方向绕行演武大桥，减停厦大医院站。演武路往大学路方向不变。
2011年05月04日，因思明南路（成功大道—演武路）路面工程改造施工，施工期间思明南路该路段改为单向通行，第一阶段封东侧开始施工道路封闭。29路线路由胡里山往厦大方向行至大学路演武路口，改经民族路、成功大道、思明南路接原线路运行，减停：厦大西村、博物馆站，增停：中华儿女美术馆和冷冻厂站。返程运行不变。
思明南路（成功大道—演武路）路面工程改造施工，第一阶段封闭施工至2011年06月05日结束，为保障高考考生的交通出行，6日至8日思明南路恢复双向通行，9日起实施第二阶段封闭施工：
第二阶段：2011年06月09日至07月08日，西侧施工道路封闭。
29路公交线路往胡里山方向行至思明南路成功大道路口，改经成功大道、民族路、大学路接原线路运行，增停：冷冻厂和中华儿女美术馆站，减停：理工学院和厦大西村站。返程运行不变。
2011年09月07日至08日，每日7：00—20：00时，会展中心及会展南路、会展路（环岛干道）、会展北路、莲前东路的前埔东路口至会展路口路段禁止车辆通行。29路线路往会展中心及环岛路运行的公交线路，双向避行会展路（环岛干道）和会展南路，全部改经前埔东路、文兴东路、会展南二路（环岛路）运行。
2011年10月01日，思明区巡游时间为晚上20:00开始举办2011年厦门花车巡游活动。巡游线路：白鹭洲音乐喷泉广场—湖滨南路—鹭江道—演武大桥—环岛路观音山海滨旅游休闲区。交通管制及公交调整方案：19:00时起，思明区花车巡游途经的湖滨南路（湖滨中路口-湖滨西路口）、鹭江道、演武大桥、环岛路（厦大-观音山）依序实行道路交通限制措施，禁止一切车辆通行；19:30时起，湖滨西路的滨北立交桥至湖滨南路口路段实行交通限制措施，禁止一切车辆通行。从东渡路往湖滨西路方向行驶的车辆，改由仙岳路或湖滨北路绕行。29路暂停发班。
2011年10月01月至10月07日（国庆黄金周期间），并延长8条公交线路的夜间服务时间：29路（软件园站←→轮渡站）软件园站末班23：05，轮渡站末班23：40。
2011年11月06日（星期日）7:30-13:00，为确保中央电视台“心连心”艺术团来厦慰问演出活动安全、顺利举行，我市会展中心及周边部分道路采取交通限制措施，公交线路调整方案如下：29路线路往会展中心及环岛路运行的公交线路，往返全部经前埔东路、文兴东路、会展南二路（环岛路）运行。
2012年01月07日，2012厦门国际马拉松赛（2012年建发厦门国际马拉松）比赛定于元月7日上午08:00鸣枪，根据交通管制方案，29路公交线路临时调整：交通管制期间29路临时停驶。交通管制解除，公交线路立即恢复原线路运营。
2012年海峡春节焰火晚会定于2012年01月23日在环岛路黄厝沙滩举行，为确保晚会期间道路交通安全，当晚18：30至21：00，环岛路的云顶中路口至“一国两制”路段禁止一切车辆通行，29路绕行环岛干道。晚会结束后，29路公交线路恢复原走向和停靠站点，并将根据客源情况适当延长运营时间。
2012年06月15日至21日，“台湾特色庙会”活动期间，29路途经“轮渡站”的公交线路末班时间延长至23:30，确保及时疏运参加活动的市民、游客。29路公交线路的末班发车时间（23：30以后）不变。
2012年08月12日起，厦门公交集团调整延伸29路公交线路至第一码头始发（软件园站←→第一码头站）。
1、线路走向：往轮渡方向，经停轮渡站（轮渡邮局站）后，改经鹭江道、西堤南三路至第一码头站。返程第一码头站经厦禾路延伸段、鹭江道接原线路运行。
2、增停站点：第一码头和鹭江道站。
2012年10月15日起，增停环岛路会展南五路口附近已增设的一对“会展南五路东”站。同时，岭兜小区更名“岭兜二里”。
2012年11月08日起，因会展南路排洪箱涵截流工程施工需占用会展南路部分道路和环岛路西侧辅道，施工期间途经会展中心站点的公交线路调整运营方案。由莲前往会展中心方向，行至会展南路，改经会展南七路、会展南五路、环岛东路接原线路运行，往返一致，减停：会展中心站。
2013年01月05日，2013厦门国际马拉松赛公交线路调整方案，根据交通管制解除情况，适时恢复原线路运营。中午12：00以后，除需通行白城至会展中心段的线路，所有线路恢复原线路运行。根据交通管制方案，29路公交线路临时调整：交通管制期间29路临时停驶。
2013年01月15日起，前埔中路原“前埔中路站”将更名“东盛花园站”。
2013年海峡春节焰火晚会定于2013年02月10日（正月初一）在环岛路黄厝沙滩举行，为确保晚会期间道路交通安全，当晚18：30至21：00，环岛路的云顶中路口至“一国两制”路段禁止一切车辆通行，29路绕行环岛干道。晚会结束后，相关线路立即恢复原走向和停靠站点，并将根据客源情况适当延长运营时间。
2014年01月01日下午17：00起，2014年厦门国际马拉松赛公交线路调整方案，会展路（会展南路与会展北路中间路段）提前道路封闭，临时调整29路经莲前东路往会展中心的线路：29路均由前埔东路（前埔南路）、文兴东路、会展南路、会展南三路进入会展中心车站，由会展南七路、会展南六路、环岛干道、文兴东路、前埔东路（前埔南路）接原线路返程。
2014年01月02日马拉松赛当天，2014年厦门国际马拉松赛公交线路调整方案，根据交通管制方案，29路公交线路临时调整：交通管制期间29路临时停驶。
2014年海峡春节焰火晚会定于2014年01月31日在环岛路黄厝沙滩举行，为确保晚会期间道路交通安全，当晚19时至21时，环岛南路的云顶南路口至[一国两制]路口段禁止一切车辆通行，29路绕行环岛干道。晚会结束后29路公交线路恢复原走向和停靠站点，并将根据客源情况适当延长运营时间。
2014年02月01日起，29路双向恢复位于环岛东路的会展中心站。
2014年03月17日起，环岛东路（方位：东、西）原“会展中心站”更名“会展南路口站”。同时，环岛东路（方位：东、西）原“会展南五路东站”更名“环岛东路站”；环岛南路（方位：东、西）原“朗纳中专站”更名“黄厝浴场站”。
2014年05月05日起，因轨道1号线镇海路站施工围挡，镇海路（思明南路口至鹭江道段）由东往西，寿山路（鹭江道至思明南路口段）由西往东，实施车辆单向通行。原海军基地一侧的“妇幼保健院站”迁移调整至鹭江道（鹭江道往演武大桥方向，过了镇海路口红绿灯处）。涉及公交线路29路，具体调整方案。鹭江道往厦大方向，往成功大道、厦大、胡里山方向，行至鹭江道镇海路口，改为直行鹭江道，经寿山路、思明南路接原线路运行，返程不变。单向减停：妇幼保健院站（海军基地一侧）、镇海路站。单向增停：妇幼保健院站（鹭江道）。
2014年05月24日起，鹭江道的“妇幼保健院站”与“和平码头站”整合，妇幼保健院站（鹭江道上临时站点）取消，原“和平码头站”临时更名为“妇幼保健院站”。
2014年06月23日至09月01日，因会展南路排污工程施工，会展南路由东往西方向（环岛东路往会展中心）禁止车辆通行，29路线路行至环岛东路会展南五路口，改经会展南五路、环岛干道接原线路运行，单向减停：会展南路口站（靠海一侧），单向增停：会展南五路站。
2014年08月26日起，会展南路由东往西方向（环岛东路往会展中心）恢复通行，29路恢复原线路运行。
2014年09月07日至09月08日每日7：00-20:00，根据市公安交通管理部门的交通管制通告，除持有红色和黄色第十八届投洽会《车辆通行证》的车辆外，国际会议中心及会展南路、会展路、会展北路、展鸿路、前埔北路、莲前东路的前埔东路口至会展路口路段禁止一切车辆通行。涉及的29路公交线路调整方案。往会展中心方向，行至莲前东路前埔东路口，全部改经前埔东路、文兴东路、环岛干道、会展南五路、会展南三路至会展中心。返程经会展南七路、会展南六路、会展南二路、文兴东路、前埔东路接原线路运行。以上线路临时减停：前埔村、明发新城；临时增停：前埔南区、前埔医院、店上西里、文兴东路。
2015年厦门国际马拉松赛半程、全程专业赛01月03日开赛，比赛路线为：五通灯塔公园正门前（起点）→环岛东路→会展北路→会展路→会展南路→环岛南路→云顶南路→环岛南路（龙虎山路小白鹭艺术中心为半程终点）→厦门大学白城天桥下（折返）→环岛南路→会展南路→会展路→会展北路→环岛东路→香山游艇会正门前→环岛东路→五通灯塔公园正门前（终点）。公交疏运保障方案如下：赛道途经区域：29路暂停运营。
2015年海峡春节焰火晚会定于2015年02月19日在环岛路黄厝沙滩举行，为确保晚会期间道路交通安全，当晚19时至21时，环岛南路的云顶南路口至“一国两制”路口段禁止一切车辆通行，29路绕行环岛干道。晚会结束后，29路公交线路恢复原走向和停靠站点，并根据客源情况适当延长运营时间。
2015厦洽会期间的交通限制措施，9月8日07:00-18:00，会展路实行由南往北（即由会展南路往会展北路方向）单向交通组织，禁止车辆由北往南行驶。29路公交线路临时调整：29路软件园始发，行至文兴东路，改直行文兴东路，经会展南路、环岛东路接原线路往第一码头，返程不变。现场交通管制解除后，29路公交线路立即恢复原线路运行。
2016年02月02日起，环岛南路原“台湾民俗村站”更名为“溪头下站”。
2016年02月08日晚，2016年海峡春节焰火晚会将在环岛路黄厝沙滩举行，当晚19时至21时，环岛南路的云顶南路口至“一国两制”路口段禁止一切车辆通行，29路绕行环岛干道。晚会结束后，以上线路恢复原走向和停靠站点 。
2016年04月12日起，2016年厦门工博会暨第二十届海峡两岸机械电子商品交易会在国际会展中心举办，4月12日至15日，每日08:30至18:00，会展路（会展南路至会展北路段）实行机动车由南向北单向通行。会展中心片区的29路公交线路调整由软件园始发，行至文兴东路，改直行文兴东路，经会展南路、环岛东路接原线路往第一码头，返程不变。往第一码头方向单向减停：前埔南区站、前埔村站、明发新城站。
2016年04月16日起，为方便市民及游客的出行，思明南路的“博物馆站”更名为“华侨博物院站”。同时，思明南路的“理工学院站（思明）”更名为“理工学院思明校区站”。
