清朝官制中的内阁在入关前已有雏形，起源于皇太极创设的文馆。内三院，包括内国史院、内秘书院和内弘文院，自那时起负责文书起草、诏令撰拟、史书编纂和制度颁布。入关后，内阁名称在顺治十五年正式确立，后来经历多次改名，如康熙九年恢复内阁。大学士、协办大学士和学士职位满汉兼授，大学士仍沿用殿阁名号，内阁起初有四殿二阁，后增减至三殿三阁。
然而，清朝初期的政务决策中心是议政王大臣会议，这是一种由满洲亲贵大臣讨论国家大事的制度。会议权力曾非常大，内阁主要负责一般性事务的票拟，而南书房和军机处的设立则进一步削弱了内阁的权力。南书房由清圣祖设立，翰林官可以参与机密，而军机处则在雍正七年成立，原为军事指令机构，后逐渐成为皇帝直接处理政务的核心。军机大臣由皇帝特简或从军机章京晋升，他们之间没有统属关系，全凭皇帝意志行事，标志着君主集权达到极致。
军机处成立后，内阁的决策权大为削弱，明发和廷寄制度的出现使内阁和议政王大臣会议的权力受到限制。议政王大臣会议在乾隆五十六年被废止，南书房则在光绪二十四年被取消，军机处成为真正的决策核心。清朝的内阁，与明朝相比，其宰相权力被大大削弱，实际政务决策权转到了军机处，标志着宰相制度在清朝的彻底消失。
清朝所建立的一套有别于以前各朝的官制，包括文京内官，文京外官，武京内官，武京外官等。