四川省环境保护厅根据其职责设有多个内设机构，具体如下：
1. 办公室: 协助厅领导处理政务，负责文秘、档案、机要、保密等工作，同时负责电子政务、信息管理、行政接待、会议会务、爱国卫生、安全保卫等。还负责机关事务管理规则的制定和基本建设的监督。
2. 政策法规处: 负责起草环境保护法规、规章，监督法律执行，负责行政执法监督、行政听证等工作，并进行政策研究和综合性文件起草。
3. 规划财务处: 制定和监督环境保护规划，参与国民经济规划，管理环保资金，负责预算和决算监督，负责环保项目立项和城市环保基础设施管理。
4. 科技标准与产业发展处: 组织协调环保科研和技术引进，负责环保科技项目管理和推广，制定和监督环保标准，推动环境技术管理体系建设。
5. 污染物排放总量控制处: 实施污染物排放总量控制，制定相关制度并监督执行，组织环境容量计算和总量减排考核。
6. 环境影响评价处: 执行环境影响评价相关法规，负责规划和建设项目环境影响评价审批，以及环境影响后评价。
7. 环境监测与调查处: 制定环境监测和信息规划，监督环境质量，实施环境应急和预警，组织环境调查评估及信息发布。
8. 污染防治处: 贯彻执行污染防治政策，负责水、大气等污染防治监管，组织污染源治理和城市环境整治。
9. 农村环境保护处: 负责农村环境保护指导和监督，制定污染防治规划，协调农业面源污染治理。
10. 自然生态保护处: 贯彻生态保护法规，评估生态环境，管理自然保护区和野生动植物保护。
11. 核与辐射安全管理处: 管理核与辐射安全，负责辐射安全许可和应急处理，参与核设施监管。
12. 环境应急与信访处: 负责突发环境事件应急管理和环保督查，处理环境来信来访。
13. 宣传教育与对外合作处: 制定对外合作政策，组织环保宣传教育，推动社会公众参与，负责对外交流和履约工作。
14. 人事处: 负责机构编制和干部人事工作，管理环保系统培训和队伍建设。
15. 离退休人员工作处: 负责机关和直属单位的离退休人员管理。
16. 机关党委: 负责机关和直属单位的党群工作。
四川省环境保护厅负责统筹协调和监督管理全省重大环境问题、落实全省污染物减排工作、负责环境保护投资管理等