25%的强直性脊柱炎患者有结膜炎、虹膜炎、眼色素层炎或葡萄膜炎，后者偶可并发自发性眼前房出血。虹膜炎易复发，病情越长发生率愈高，但与脊柱炎的严重程度无关，有周围关节病者常见，少数可先于脊柱炎发生。眼部疾病常为自限性，有时需用皮质澈素治疗，有的未经恰当治疗可致青光眼或失明。
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强直性脊柱炎神经系统的病变多由于脊柱强直和严重的骨质疏松，即使轻度外伤也易招致脊柱骨折和颈椎脱位而引起的脊髓压迫，造成不同程度的截瘫，根性疼痛或知觉减退，以及运动障碍等，尤以颈椎骨折，是死亡率最高的并发症;发生在腰椎，则可压迫马尾神经，可成为慢性进行性马尾综合征，因脊柱椎间盘纤维环骨化，黄韧带，后纵韧带的骨化可造成椎管狭窄，但有的文献记载，脊髓造影并不见椎管狭窄或压迫性操作，而可见腰骶蛛网膜憩室，其原因不清，可能为慢性蛛网膜炎所致，部分病人的初发症状即表现为下肢疼痛而误诊为坐骨神经痛和椎间盘突出症。
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主要表现为肾淀粉样变性和lgA肾病，其发生率与类风湿关节炎相似，可以出现蛋白尿，少数病人可因尿毒症而死亡，前列腺炎的发病率也较普通人群高。
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全身症状一般较轻微，少数人有低热，疲劳和体重下降，个别病人可出现贫血，少数急性发病者也可有高热，四肢关节受累较重者，很快即可卧床不起，这时血沉和C-反应蛋白均可升高。