被删的《南京！南京！》70分钟内容包括：
1、暴力
导演陆川在接受本报记者采访时表示，影片其实还有近20分钟表现日本人残暴的镜头。例如，日本人闯进难民营，高圆圆抱着小孩躲在阁楼里，但日本兵还是发现了她，开始往阁楼里扫射，小孩子的头被击中，血液喷在高圆圆的身上。此外，影片还有大量死伤军人的镜头，高圆圆呈现出完全崩溃的状态。
2、裸露
除了暴力，《南京》还删掉大量慰安妇镜头。不仅有死去的慰安妇全裸的镜头，还有在慰安所中日本军人强奸慰安妇的镜头。实际上，导演陆川并没有一味地表现日本人兽性，而是站在人性的角度思考问题。例如，有一个被删的镜头就是，还是处男的角川，赤裸地躺在他想娶为妻子的慰安妇百合子的怀里，像一个孩子。
3、情感
原来的剧本中刘烨饰演的陆剑雄与高圆圆饰演的姜淑云有一段感情戏，并且贯穿全片。但在拍摄过程中，拍着拍着就拍不下去了，因为刚刚还在拍活埋的镜头，接下来又拍软绵绵的情感戏，大家都不能接受。
于是剧情几经修改，最后变成陆剑雄在前四十分钟就死去，所有人都松了一口气。本来，陆剑雄将出现在避难营中与姜老师相遇的，到最后还是被日军抓走，并且留下了自己的身份编号。而后来大量被屠杀的军人身份编号章被华小姐汇集，成为了大屠杀的见证。这些都被删掉。
4、台词
许多观众在看完《南京》后，都表示范伟饰演的唐先生死得有些突兀。影片中，唐先生本来可以走，但他却将生的机会留给了自己的同事，但为什么就一定要被日本人枪杀呢？陆川表示，在这段叙事中，唐先生的死原来是有铺垫的。
当时日本人对唐先生说：“活着不是挺好吗？”唐先生回答说：“我留下来是为了救自己。”实际上，日本人的潜台词就已经说得很清楚了，唐先生留下来就是死。不过后来这两句台词被删掉。
5个小时剪辑了一年
对于被删镜头，陆川表示，《南京！南京！》原本有近5个小时，但是因为片长的关系，最后剪辑了近1年的时间，变成了现在的2小时15分钟。对于被删减镜头，陆川坦言，其余的都能接受，只有唐先生的台词是最大遗憾。
“例如，在剧本中，角川和百合子的感情戏是有一条线索的，但考虑到中日两方戏份的平衡问题，以及尺度问题，被剪掉一些，我是完全理解的，而且这些剪掉的镜头也没有影响到剧情的发展。至于高圆圆和刘烨的戏份被删，则是迫于片长的压力，演员们也都表示理解。”
陆川表示，只有唐先生的台词被删，让自己有些遗憾，“没了日本人说的这句话，唐先生的死变得有些不合逻辑，我也不清楚为什么这句话没有通过。”