根据上述职责，市交通运输局设9个内设机构：
（一）办公室。
综合协调局机关日常工作；建立健全机关各项规章制度；协调实施年度工作目标责任制；承办机关文电、重要会务、政务信息、机要、保密、档案、信访、提案议案、宣传、安全保卫、行政后勤等日常工作。
（二）组织人事处。
承担局机关和直属单位机构编制、组织人事、队伍建设等工作；按权限管理直属单位领导班子和局管干部；承担交通运输行业专业技术人员管理相关工作；承担局机关离退休人员的管理服务工作，指导直属单位离退休人员管理服务工作。
（三）政策法规处。
承担有关交通运输行政管理的地方性法规、规章草案和政策的起草工作；指导、监督全市交通运输行业的行政执法工作；指导推进依法行政和普法宣传、教育工作；承担相关行政复议、行政应诉、行政处罚听证等工作；指导全市交通运输行业的体制改革工作；承担交通运输行业发展重大问题的研究工作；承担本部门行政规范性文件的审查工作；指导监督行业行政审批，承办相关法律事务。
（四）规划计划处。
组织制定交通运输行业发展战略和规划；承担涉及全市综合运输体系的规划协调工作，会同有关部门编制各种交通运输方式有效衔接的综合运输体系规划；会同有关部门编制综合交通运输枢纽规划；制定和组织实施全市公路、水路、港口交通行业发展规划及专项规划、计划；会同有关部门制定城市公共客运行业发展规划及专项规划、计划，并按分工做好组织实施；参与制定城市地铁、轨道交通行业发展规划；参与制定物流业发展战略和规划；制定公路、水路等建设的年度投资计划并监督执行；承担公路、水路建设工程项目建议书（可行性研究报告）的审查、审批、报批工作；承担综合统计、预测、信息引导工作。
（五）财务审计处。
承担交通专项资金、交通运输规费、部门预决算的监督管理工作；指导交通建设投融资平台和投资机制的建设；组织编制全市交通运输资金年度预算；承担局机关财务管理工作；指导全市交通运输行业的财务和审计工作；承担局直属事业单位国有资产管理及财务预决算的审核和财税检查工作；承担局机关和直属事业单位内部审计工作。
（六）综合运输管理处。
承担交通运输市场的监督管理工作；协调全市各种交通运输方式的衔接；承担道路和水路交通运输（包括城市公共客运、出租汽车以及城际客运、旅游客运和城际短途中巴等）及城市地铁和轨道交通运营的行业管理工作，并承担相关经营权的有偿使用和特许经营工作；组织协调重点物资、紧急客货运输和重大节假日运输、抢险救灾、军运工作；参与口岸开放、联合运输协调工作；承担车辆租赁、搬运装卸、机动车维修检测、汽车配件经销业、船舶检验、驾培学校和驾驶员（船员）培训、运输服务等行业管理工作；维护全市交通运输市场平等竞争秩序；承担全市道路、桥梁通行费征收工作的行业管理工作；指导市级交通社团工作。
（七）建设管理处。
组织协调公路、水路工程项目建设，承担限下项目初步设计审查、审批和限上项目的审查、报批工作；组织和参与公路、水路工程项目的竣工验收；承担交通运输工程项目的招投标、监理、质量技术监督、造价定额、环境保护和从业单位资质工作；参与城市公共客运设施的建设并负责公共客运设施监管；会同有关部门管理交通运输基础设施建设市场，维护公路、水路建设行业平等竞争秩序。
（八）科技教育处。
组织拟订交通运输行业科技和信息化发展规划、年度计划；组织拟订交通运输行业标准和规范；组织实施重大交通科技项目、科技成果的鉴定和推广应用；负责管理交通运输科技情报、计量工作；指导交通运输智能化、信息化建设工作；指导交通运输行业环境保护、节能减排工作；承担交通运输行业的对外经济技术合作与交流等工作；指导交通运输系统技工院校开展工作。
（九）安全监督处。
指导交通运输行业的安全管理工作；承担全市性综合交通运输应急保障的组织工作，指导应急处置体系建设工作，拟订应急保障预案并监督实施；组织交通安全生产大检查，依法组织或参与特大交通事故的查处工作；协助、配合有关部门管理车站、港口（码头）的治安工作；负责和指导局机关和直属单位的安全保卫工作；指导行业维稳工作。
机关党委。负责局机关和直属单位的党群工作。
