根据上述职责，市科学技术局设10个职能处室。
（一）办公室
组织协调局机关日常工作；负责机关文电、会务、机要、档案、安全、保密、信息、督查、信访、政府信息公开和市政府市民服务热线办公室转办事项的办理等工作；负责综合性文稿的起草工作；负责相关人大代表建议、政协委员提案的办理工作；组织重大科技工作调研；负责科技宣传、科技应急管理、国防科技动员工作；指导科技信息库和科技信息网络建设。
（二）政策法规处
起草科技工作的地方性法规、规章草案；负责相关规范性文件的合法性审核工作；承办相关行政复议和行政应诉工作；会同有关部门推进科技体制改革，创新体系建设；组织实施技术创新引导工程和科技人员服务企业行动；承办相关科研机构组建和调整的审核事宜；承担科技类民办非企业单位和社团的审核和业务指导工作；承担科技进步考核工作；会同有关部门拟订科技人才队伍建设规划和政策；指导全市科技培训工作；拟订全市科普工作规划和政策并组织实施；拟订促进科技相关的知识产权创造的政策措施；组织实施全市软科学研究计划。
（三）组织人事处
负责局机关和直属单位的组织人事、机构编制和教育培训工作；负责局机关离退休人员的管理服务工作，指导所属单位离退休人员的管理服务工作。
（四）发展规划处（挂基础研究处牌子）
拟订全市科技发展战略规划和年度科技计划并组织实施，组织、指导编制科技发展综合规划、专业规划和专项规划；提出应用技术研究开发资金和科技发展资金安排建议；组织协调重大科技项目的立项工作；协调市重大科技工程项目；拟订全市科技基础平台规划并组织实施；负责国家级新产品申报及新产品财政扶持资金申报工作；负责科技统计工作。
拟订基础科学研究规划、计划并组织实施；负责规划和管理各级重点实验室和科研试验区的工作；申报国家、省重大基础研究项目和国家级、省级重点实验室；协助管理国家、省在济设立的科研中心、工程技术研究中心。
（五）条件财务处
拟订市级科技投入、科研条件保障、科技经费管理的规章制度；负责编制本部门及所属事业单位科技经费预、决算，并监督预算的执行；负责局机关财务管理及资产管理工作；负责各类科技计划和专项经费管理与监督；指导局属单位及所属科研院所的财务管理和内部审计工作；负责组织大型科研仪器设备的管理和协作共用；参与科技金融、科研条件的建设规划编制与实施管理工作。
（六）科技合作处
拟订国内外科技合作与交流的规划和政策并组织实施，组织有关科技团组出国计划申报；组织实施国际科技合作计划，建设国内外科技合作平台，推进产学研合作；承担市政府与国内知名高校、科研机构科技合作的有关具体工作；承办政府双边和多边及国际组织间科技合作与交流事宜；会同有关部门组织技术出口、技术引进及引进技术的消化、吸收和再创新工作；承担与港、澳、台地区的科技交流工作；负责组织申报国家、省级中试基地科技基地计划，组织评审市级中试基地科技基地计划。
（七）高新技术发展及产业化处
拟订相关领域高新技术发展及产业化的规划和政策；组织实施相关领域高技术研究发展计划、科技支撑计划和火炬计划等政策引导类计划；组织实施高新技术研究开发项目和科技创新示范试点等工作；会同有关部门组织运用高新技术嫁接改造传统产业，参与推动企业技术进步；会同有关部门进行高新技术企业和技术先进型服务企业认定；会同有关部门管理科技型中小企业创新基金和高新技术风险投资基金；承担高新技术产业开发区、大学科技园以及高新技术创业服务中心、生产力促进中心、工业领域工程技术研究中心的有关管理工作。（八）农村科技处（挂社会发展科技处牌子）
拟订科技促进农村发展的规划和政策；组织实施相关领域高技术研究发展计划、科技支撑计划和政策引导类科技计划；指导相关重大科技成果转化、应用与示范；推进农村科技服务体系建设；承担农业高新技术产业示范区、农业科技园区、农村与农业领域工程技术研究中心的有关管理工作。组织实施全市星火计划。
拟订社会发展领域科技发展规划和政策；组织实施相关领域高技术研究发展计划、科技支撑计划和政策引导类科技计划；组织实施社会发展项目和科技创新示范试点工作；推进生物技术发展及产业化工作；协调科技应对气候变化工作；承担可持续发展实验区和先进示范区、社会发展工程技术研究中心的有关管理工作。
