9号线的规划於20世纪90年代出现,定位是北京西部的纵向干线。在1999年的北京轨道交通规划中,一方面9号线连接郭公庄、北京西站、白石桥(国家图书馆),与最终确定的9号线线位大体一致;另一方面线路向北行经中关村、圆明园,到达香山,这一线位后被4号线取代。2002年,9号线被列为目标2008年开通的线路之一,但进一步工作没能落实。
北京西站和国家图书馆站的地下结构在早先随火车站和4号线建成。2007年,9号线宣告正式开工建设。 白堆子至军事博物馆站区间要下穿玉渊潭公园湖区,公园东湖从2009年末起将水抽干半年,以便盾构机在卵石含量高的地下掘进。
郭公庄车厂顶部进行了“上盖开发”,即车库顶部支撑加厚的钢板,以此为地基修建房屋和绿化地,从而节约城市用地空间。类似的方案在四惠车厂(1号线)已得到实施,在与9号线同期建设的平西府车厂(8号线)、五路车厂(6号线)也获得应用。
2011年7月17日,郭公庄站到北京西站长约10.8千米的区间双向隧道打通,同年9月25日开始空车试运行,於2011年12月31日载客试运营(丰台东大街站於次年10月12日开通 )。由於9号线在北京西站使用双岛车站的外侧轨道,折返过程中需要进入为7号线预留的内侧轨道多次掉头,操作难度较大,加之与房山线一同脱网运行,客流有限,故初开通时9号线采取保证8分钟,最小6分钟的发车间隔。
2012年11月1日,9号线北段开始按运营图空载运行。 2012年11月26日,北京市轨道交通建设管理有限公司邀请部分北京市民到9号线北段试乘。 2012年12月30日,9号线北段通车运营,正式接入地铁网络。 这次开通的线路长5.35千米,设有4座车站(其中军事博物馆站於次年12月21日启用 )。