哈布斯堡家族在失去神圣罗马帝位后，继续持有奥地利公爵的爵位。历任奥地利公爵都不断地扩大公国的统治范围，并将公国划分为若干个省统治。但这些划分最终导致内外奥地利分治。
1379年，哈布斯堡家族两位公爵艾伯特(Albert)和利奥波德(Leopold)签定协议。艾伯特的子孙将拥有内奥地利公国，即今日的奥地利中东部，利奥波德的后裔则坐拥外奥地利公国，统治领域包括今日奥地利西部、南阿尔萨斯和位于德国西南领地。
奥地利内外分治的局面，直至1490年外奥地利公爵家族绝后才得以结束。哈布斯堡家族领地再次归由一位公爵统领。 1422年，内奥地利公爵阿尔布雷希特五世迎娶了神圣罗马皇帝兼匈牙利及波希米亚国王西吉斯蒙德唯一的女儿卢森堡的伊丽莎白公主，并被指定为西吉斯蒙德的继承人。1437年，西吉斯蒙德病逝，阿尔布雷希特于次年陆续即位为德意志国王、匈牙利国王及波希米亚国王（阿尔布雷希特二世，未加冕为皇帝）。由此以后，哈布斯堡家族一直把持神圣罗马帝国皇位(1742年-1745年间除外)，直至帝国覆亡。
但不久后的1439年，阿尔布雷希特二世葬身沙场，遗下一名遗腹子拉迪斯劳斯。奥地利公爵和神圣罗马帝国皇位随后由阿尔布雷希特二世的一位表亲腓特烈三世继承，拉迪斯劳斯一出生就继承了匈牙利及波希米亚国王（分别称拉斯洛五世/拉迪斯拉夫一世）。但很不幸，这位哈布斯堡幼主很快被人所杀害，使家族丧失了对匈牙利和波希米亚的统治。
1453年11月23日，神圣罗马皇帝腓特烈三世将奥地利公国提升为大公国，使哈布斯堡皇朝乃至奥地利在欧洲的地位都大大提高，也为皇朝的进一步扩展提供了基础，皇朝也逐渐步入鼎盛期。 哈布斯堡皇室的权势，在马克西米连一世(Maximilian I)统治期间(1493年-1519年)，通过皇室联姻，得以进一步增强。
马西米连一世本人，于1477年8月18日迎娶了勃艮迪公爵独生女玛利公主(Mary of Burgundy)。这段姻缘，将属于勃艮迪公国的，自法国南部至荷兰的领地统统并入哈布斯堡皇室领地。
马西米连一世的儿子英俊王菲利浦(Philip the Handsome)，于1496年，迎娶西班牙女王储：
胡安娜公主(Joanna the Mad)，开创了西班牙哈布斯堡王朝。不过，菲利浦将母亲勃艮迪公爵的领地也赠与西班牙王室，种下了西班牙王位继承权战争的导火线。
马西米连一世的孙子，日后的神圣罗马皇帝费迪南一世(Ferdinand I)于1521年5月25日 迎娶了波希米亚的安妮公主(Anne of Bohemia)，次年，费迪南的妹妹玛利亚公主(Maria of Austria)嫁给了匈牙利兼波希米亚国王路易二世(Louis II of Hungary & Bohemia)，这两段婚姻为日后奥地利吞并波希米亚和奥匈合组二元帝国埋下伏线。
马西米连一世的儿女，多与外国王族通婚，哈布斯堡王朝在欧洲的影响，大大增强。 马西米连一世精心安排的政治婚姻，使他的孙子查理五世(西班牙称卡洛斯一世)成为欧洲的霸主。
1506年，查理的父亲英俊王菲利浦英年早逝，查理便继承了勃艮迪公爵一职，成为了西属尼德兰(今日的荷兰和比利时)的首位统治者。
1516年，查理的外祖父，西班牙国王费迪南二世病逝，查理因此成为了西班牙国王卡洛斯一世。自此，西班牙全国、意大利南部的西西里岛、萨丁岛、那不勒斯王国以及西班牙在美洲等地的殖民地都成了哈布斯堡皇朝的管治领域。
1519年，查理的祖父，神圣罗马皇帝马西米连一世病逝，查理继承帝位成为查理五世，并承继了家族对奥地利和阿尔萨斯的统治。
此时，查理五世成了统治最多领土的欧洲君主，不过仍然不断出征，如对付基督新教徒以及奥斯曼土耳其帝国的入侵。因此，查理五世所统治国家的内政，多由他的代理人处理，在西班牙的代理人是他的儿子菲利浦王子，而在奥地利的是他的弟弟费迪南大公。
虽然，哈布斯堡皇朝的领地面积已冠全欧，但皇朝为扩张而进行的征战一直继续。 1526年8月29日，匈牙利兼波西米亚国王路易二世与奥斯曼土耳其苏丹奇迹王苏莱曼一世，在匈牙利首都布达佩斯附近的摩哈赤激战，史称第一次摩哈赤战役。奥斯曼土耳其军战胜匈牙利军，路易二世不幸战死沙场。
但奥斯曼土耳其帝国并无长期占领匈牙利，反而在9月时撤军。此时，神圣罗马皇帝查理五世的弟弟，奥地利大公费迪南以路易二世的姐夫身分继承匈牙利和波西米亚的王位。虽然在匈牙利出现了争位者，但很快便被平定。自此，匈牙利、波西米亚和摩拉维亚一直在哈布斯堡皇朝的统治之下。直至1918年，西里西亚(今日波兰南部)也暂时成为哈布斯堡皇朝的领地。 1804年，奥皇弗郎茨对于拿破仑的称帝举动十分不安，担心法国在此扩张，与哈布斯堡皇朝抗衡。因此，奥地利决定纠合英国，俄国，瑞典和那不勒斯，组成第三次反法同盟。1805年，奥地利在俄军支援下入侵法帝国盟国巴伐利亚。而那不勒斯则和奥军一道，进攻拿破仑在意大利的盟国。不过，拿破仑迅速做出反应，自本土挥军渡过莱茵河。12月2日，法、俄、奥三国皇军，在奥斯特利茨 (Austerlitz)，旋即打了一场“三皇会战”(法皇、俄沙皇和奥皇)。拿破仑最后不但守住巴伐利亚，更攻入哈布斯堡领地摩拉维亚，更将奥军赶出意大利，并在普鲁士境内打败俄援军。
1805年12月16日，法奥最终签订《普勒斯堡和约》。在该和约主要条款如下:
奥地利需完全撤出巴伐利亚和意大利
奥地利割地与法帝国和其盟友
奥地利赔款4000万法郎与法国
和约签订后，拿破仑决定成立以自己为护国公的莱茵邦联，以整固自己在德意志地区的盟友。1806年7月12日，在拿破仑的威逼利诱下，16个神圣罗马帝国的成员邦签订了《莱茵邦联条约(Rheinbundakte)》，脱离帝国，加入邦联。此举严重削弱奥地利在德意志地区的领主地位，令奥皇大为不快。拿破仑为了吸引更多国家加入邦联，决定亲手终结神圣罗马帝国。因此他对奥皇弗郎茨发出最后通牒，要求他解散神圣罗马帝国，并且放弃神圣罗马皇帝和德意志国王的称号。最后弗郎茨于8月6日放弃神圣罗马帝号。神圣罗马帝国正式灭亡。
