第三百八十一条人民检察院公诉部门对本院侦查部门移送审查起诉的案件审查后,认为犯罪事实不清、证据不足或者遗漏罪行、遗漏同案犯罪嫌疑人等情形需要补充侦查的,应当向侦查部门提出补充侦查的书面意见,连同案卷材料一并退回侦查部门补充侦查;必要时也可以自行侦查,可以要求侦查部门予以协助。第三百八十二条对于退回公安机关补充侦查的案件,应当在一个月以内补充侦查完毕。补充侦查以二次为限。补充侦查完毕移送审查起诉后,人民检察院重新计算审查起诉期限。人民检察院公诉部门退回本院侦查部门补充侦查的期限、次数按照本条第一款至第三款的规定执行。第三百八十三条人民检察院在审查起诉中决定自行侦查的,应当在审查起诉期限内侦查完毕。第三百八十四条人民检察院对已经退回侦查机关二次补充侦查的案件,在审查起诉中又发现新的犯罪事实的,应当移送侦查机关立案侦查;对已经查清的犯罪事实,应当依法提起公诉。第三百八十五条对于在审查起诉期间改变管辖的案件,改变后的人民检察院对于符合刑事诉讼法第一百七十一条第二款规定的案件,可以通过原受理案件的人民检察院退回原侦查的公安机关补充侦查,也可以自行侦查。改变管辖前后退回补充侦查的次数总共不得超过二次。第三百八十六条人民检察院对于移送审查起诉的案件,应当在一个月以内作出决定;重大、复杂的案件,一个月以内不能作出决定的,经检察长批准,可以延长十五日。人民检察院审查起诉的案件,改变管辖的,从改变后的人民检察院收到案件之日起计算审查起诉期限。对于退回补充侦查的相关情况，应当严格按照法律规定的程序来进行处理，如果对相关情况的认定存在异议的，如犯罪证据的认定上存在适用错误的，则必须由公安机关进行重新侦查，在犯罪事实认定的基础上才可以作出合法的判罚处理。
刑事诉讼立案管辖，又称职能管辖或部门管辖，是指公安机关、人民检察院和人民法院之间在直接受理刑事案件上的权限划分。一般而言，案件比较重大、复杂的，由公安机关立案侦查;涉及国家工作人员职务犯罪的，由人民检察院立案侦查;不需要侦查的轻微刑事案件，则由人民法院立案。(一)公安机关立案侦查的案件。除法律另有规定的，其他刑事案件应当一律由公安机关立案侦查。法律另有规定的有：(1)由人民法院直接受理，不需要经过侦查的自诉案件;(2)由人民检察院直接立案侦查的案件;(3)由军队保卫部门负责侦查的军队内部发生的刑事案件;(4)由国家安全机关立案侦查的间谍案;(5)由监狱立案侦查的罪犯在监狱内犯罪的案件。(二)人民检察院直接受理的案件。1、贪污贿赂犯罪。是指刑法分则第八章规定的贪污贿赂罪和其他章节中明确规定按照刑法分则第八章贪污贿赂罪的规定定罪处罚的犯罪。具体有：(1)贪污案;(2)挪用公款案;(3)受贿案：(4)单位受贿案;(5)行贿案;(6)对单位行贿案：(7)介绍贿赂案：(8)单位行贿案：(9)巨额财产来源不明案;(10)隐瞒境外存款案;(11)私分国有资产案;(12)私分罚没财物案。2、国家工作人员的渎职犯罪。人民检察院管辖的“渎职犯罪”，是指刑法分则第九章规定的渎职罪。3、国家机关工作人员利用职权实施的下列侵犯公民人身权利和民主权利的犯罪案件：(1)非法拘禁案;(2)非法搜查案;(3)刑讯逼供案;(4)暴力取证案;(5)虐待被监管人案;(6)报复陷害案;(7)破坏选举案。4、国家机关工作人员利用职权实施的其他重大的犯罪案件，需要由人民检察院直接受理的时候，经省级以上人民检察院决定，可以由人民检察院立案侦查。从上述内容看，人民检察院直接受理侦查的刑事案件，都是国家机关工作人员职务方面的犯罪或者利用职权实施的犯罪案件，体现了人民检察院的法律监督职能。(三)人民法院直接受理的刑事案件。人民法院直接受理的刑事案件，又称自诉案件是指被害人及其法定代理人、近亲属，为追究被告人的刑事责任，而直接向人民法院提出诉讼的案件，人民法院立案后即进入审理阶段，而不需要经过公安机关或人民检察院立案侦查，也不需要人民检察院提起公诉。根据《刑事诉讼法》第170条的规定，自诉案件包括：1、告诉才处理的案件。我国刑法规定的告诉才处理的案件有：第246条第1款规定的侮辱、诽谤案，第257条第1款规定的暴力干涉婚姻自由案，第260条第1款规定的虐待案，第270条规定的侵占案。2、被害人有证据证明的轻微刑事案件。这类自诉案件必须符合两个条件：(1)必须是轻微的刑事案件;(2)被害人必须有相应的证据证明被告人有罪。3、被害人有证据证明对被告人侵犯自己人身、财产权利的行为应当依法追究刑事责任，而公安机关或人民检察院不予追究的案件。这类自诉案件有下列限制性条件：(1)被害人能提供证据证明被告人的行为构成犯罪;(2)对被告人的行为应当依法追究刑事责任;(3)被告人的行为侵犯的是被害人的人身权利或财产权利;(4)公安机关或者人民检察院做出了不予追究被告人刑事责任的书面决定。这类自诉案件实际上是原本应当公诉的案件转化为自诉案件，其目的是保障被害人的控告权，维护被害人的诉讼权利，解决被害人告状无门的问题。