南宋末年，民族英雄陆秀夫、陆南大父子为抗击元军入侵，在马陆地区驻扎训练一支骑兵。
1279年南宋丞相陆秀夫，在厓山（今广东新会南）抗击元军兵败，退到天涯海角无路再退，毅然背起南宋最后一个八岁小皇帝赵昺，投海而死，誓不降元。
后其子马军司陆南大移居于此，遂以“马陆”称呼陆丞相驻马军地，以永远纪念这位忠烈义士。
马陆由此得名。
马陆镇南宋宁宗嘉定十年（1218年），从昆山县东境划出春申等五乡设置新县，县名以年号为名“嘉定”，属平江府（府治今苏州）。
今马陆地区属当时嘉定县春申乡，第二年春申乡更名为守信乡。
清康熙十年（1671年），嘉定知县赵昕赈灾，在四乡设粥厂，向灾民施粥。
以后即以厂代乡管理地方行政事务，遂有“马陆厂”之名。
宣统元年（1909年）改厂称乡。
解放后，1949年设马陆区，1957年复称乡。
1958年1月，经国务院批准，嘉定县从江苏省划归上海市，马陆遂为上海市辖区。
1958年9月，成立马陆人民公社，实行政社合一，1959年5月，马陆公社析为马陆、城东（戬浜）、城西（嘉西）三个人民公社。
1980年，马陆公社被命名为上海大阪友好人民公社。
1983年成立马陆乡，上海大阪友好人民公社改称上海大阪友好乡。
1993年撤乡建镇，成立马陆镇，上海大阪友好乡改称上海大阪友好镇。
2001年7月，戬浜镇并入马陆镇。
明朝正德四年（1509年），今马陆镇南设“递铺”（邮驿站），称南井亭。
清朝康熙十年，设马陆粥厂赈灾。
清末马陆以马陆塘打铁桥为中心，东、西、南、北各有几十米街道，形成小集市。
1935年，沪宜公路通车，马陆逐渐崛起，成为集镇