西南交通大学经济管理学院设立了多个研究所，涵盖了电子政务与电子商务、服务系统工程、公共经济、金融证券、经济管理复杂性、决策与风险管理、区域经济、数量经济、投资咨询、物流与信息管理以及战略管理等多个领域。
电子政务与电子商务研究所成立于2003年，专注于政府和企业信息化、科学化的实证研究，由博导、教授、副教授和高级工程师组成的团队进行课题研究，包括实证课题、自选课题和合作开发等，设有电子财税组、电子政务标准与绩效组等多个课题组。
服务系统工程研究所以服务社会和产业为宗旨，通过与企业合作，将国际先进管理方法本土化，提供服务传递系统设计、服务企业战略等研究与咨询服务。
金融证券研究所成立于2003年，主要研究金融证券投资技术、政策咨询等，运用计算机仿真技术研究市场投资行为，并在资本市场策略和企业金融业务上积累了丰富经验。研究领域包括证券市场投资行为、金融市场结构和上市公司投资价值评估等。
区域经济研究所成立于2001年，依托经济与金融系等博士点，研究区域经济一体化、城市规划等领域，为地方政府和企业提供政策咨询和战略设计。
投资咨询研究所成立于1992年，专注于建设项目可行性研究、投资策划与咨询服务，曾参与多项国家级和省部级科研项目，并为学生提供实践平台。现任所长为史本山教授。
战略管理研究所则聚焦战略管理、物流与供应链管理等领域，近年来主持完成了多项国家级和省部级项目，研究成果显著，现任所长为博士生导师武振业教授。
该学院的前身是西南交通大学管理工程系，始建于1984年，初期建有“管理工程”本科专业和“管理工程”硕士学位授权点。为适应市场经济对经济管理人才的需求，学校于1993年6月成立经济管理学院，历任院长有毛子洄教授、武振业教授，现任院长为贾建民教授。现任党委书记为李军教授，博士生导师。常务副院长为贾志永教授，博士生导师。 现已形成专科、本科、硕士研究生、博士研究生、博士后流动站等五个层次体系。学院现任院长贾建民，长江学者讲座教授，博士生导师，香港中文大学工商管理学院教授，全国MBA教育指导委员会委员。