第一是他曾建议选派留学生赴日本学习军事。黎元洪1898年首次从日本考察回国之后，便向张之洞建议派遣青年学生赴日本士官学校学习，张之洞很快答应他的建议，最初计划是湖南、湖北各派一百人，但由于经费不足，最后只派了20人，从此开了留学日本的新风。到1906年时，湖北留日学生有1360人，约占全国留日学生的1/4，因此，辛亥革命后仍有人说：“至今军界学界人如此之盛，皆当日元洪一言之力也。”
其次，黎元洪为官清廉，平易近人，能够与士兵同甘共苦，赢得广大士兵的爱戴。这可能和黎元洪出身贫苦有关，平时他对士兵比较体恤，作风开明，没有什么架子。对入营当兵的知识分子常常免去劳役，给予特别关照；在治军方面，则宽严适度，以身作则。这一点和张彪形成了鲜明的对比，张彪是个彻头彻尾的贪官，逢年过节，他经常勒令各营送礼，但他不直接收钱，而是要人送“字”。送字分为福、禄、寿三等，其中福字代表8两，禄字代表4两，寿字2两。每个人至少要送一个字，然后直接从军饷中扣去。
再有就是黎元洪在处理革命党人的活动时比较宽容。从1903年开始，革命党人就不断地到部队当兵，做士兵的思想转化工作。这些行为被黎元洪多次发现，但他多宽大处理。1903年，刘静庵在黎元洪管带的护军马队当文书，秘密从事反满宣传。
后来，黄兴化名张守正写信给他，误入文案刘稚亭手中，刘稚亭便告诉了黎元洪。黎元洪完全可以就这件事情大做文章，严肃处理刘静庵。但是黎元洪顾虑自己部队出现革命党人，上面知道肯定会来追究，最终一定会追究到自己头上。因为黎元洪小时候生活非常艰苦，有这么高的职位不容易，他就有一种保位的思想，所以就大事化小小事化了，最终假称刘静庵生病，让刘辞差出营，没有进一步追究。1906年末萍(乡)浏(阳)醴(陵)起义后，日知会密谋响应。由于内奸告密，湖北当局抓捕了包括季雨霖、刘静庵、张难先在内的一大批革命党人。其中季雨霖的级别最高，相当于排长，关押了一年多后，由黎元洪、曾广大以季雨霖生病为由，让他保释出狱。革命党人这样的活动发生过多次，但黎元洪都没有从严处理。这也让革命党人对黎元洪有好感，认为他是一位仁厚长者，所以，辛亥革命后大家才推举他出来当都督。 1893年孙中山在广州行医，黎元洪在广甲舰当管轮。舰上有士兵病了，黎元洪就请孙中山上舰看病。两人就这样见过一面，但并没有深入接触。第二次，辛亥革命之后，孙中山当了大总统，黎元洪当选为副总统，两个人也没有见面。直到孙中山辞掉大总统后，1912年4月初，黎元洪邀请孙来武汉访问，并热情接待了孙中山。孙中山、胡汉民都非常肯定黎元洪的功劳，称赞他为“民国第一伟人”。最后到了1924年，孙中山应冯玉祥邀请，到北京商谈国事，路过天津。黎元洪在天津招待了他。1925年3月12日，孙中山在北京去世，黎元洪在家里设灵堂供奉孙中山。应该说黎元洪从开始接触到孙中山去世，他对孙中山始终很尊重。
当时有外国记者明确问他，袁世凯想做皇帝，你怎么还跟着他走？黎元洪就说，我相信袁世凯不会做皇帝。假如袁世凯称帝，我也要起来打倒他。果然，袁世凯称帝后，册封黎元洪为武义亲王——当时封王的就他一个人，但是黎元洪坚决抵制。袁世凯逼他接受武义亲王封号，黎元洪坚决地说，如果再逼他，他就一头撞死。后来张勋复辟，黎元洪也坚持抵制。袁世凯死了之后，黎元洪当了总统，段祺瑞担任国务总理。但是实权还是掌握在段祺瑞手中，他当时并没有太大的力量。虽然如此，他在力所能及的范围内还是做了些事。具体来说，当时国务院各个部的部长，开始的名单里面都是亲段祺瑞的，黎元洪说不行，要把南方革命党人引进来。结果九个部中孙洪伊、谷钟秀、张耀曾、陈锦涛等部长是革命党人。 1923年9月，黎元洪来到上海。出乎他意料的是，卢永祥和淞沪护军使何丰林都很冷淡。他在寓所召集各省代表谈话，广东代表汪精卫说，我对黎先生很敬佩，但对在上海组织政府不感兴趣。其他省的代表说要先请示本省长官。何丰林甚至发布告示：倘有破坏秩序，扰乱治安之行为，无论何人，概予拿办……
11月初，黎元洪乘船前往日本疗养。半年后回到天津，从此不问政治。第一次息隐天津时他就开始投资实业，此时更专注于此。据相关资料，他先后投资银行、厂矿七十余家，金额不少于三百万元，与此同时还广泛捐资助学。
1926年10月，他突发脑溢血，生病期间，所养的两只孔雀突然死了一只。
两年后蒋介石的北伐军打到山东，要没收黎投资最多的中兴煤矿。他急忙找人向蒋疏通。蒋说：“别人的我没收，黎黄陂的我不能没收。”但他先是向中兴摊派了100万元的短期债券，之后又是100万元的军饷。为了凑钱，黎元洪身心俱疲。
1928年5月25日他在看赛马时突然昏倒。6月1日，让秘书起草遗嘱，告诫子女要从事实业，勿问政治。两天后65岁的黎元洪在寓所病逝。另一只孔雀也在这时死了。次日凌晨张作霖在皇姑屯被炸。北洋军阀的时代就要过去了。
黎元洪的遗嘱以通电方式发表，其中包括：从速召集国民大会，解决时局纠纷；实行垦殖政策，化兵为农工，勿使流离失所；振兴实业，以法律保障人民权利；革命为迫不得已之事，但愿一劳永逸，俾国民得以早日休养生息，恢复元气；早定政治方针与教育宗旨；民元以来，凡无抵触国体之创制，均应一律保持，请勿轻议纷更；和平统一，利国富民。
开祭时，他当年的死敌、晚年的近邻（两人的居所相距不到两公里）段祺瑞也来到灵堂，“三鞠躬毕，喟然而叹，似有无限感慨者”。
