以下是朱希祖先生的部分著作目录，涵盖了广泛的主题：
1. 《卿云歌》不宜为国歌的研究 - 对国歌选择的深入思考
2. 五四运动周年纪念感言 - 对历史事件的独特见解
3. 敬告新的青年 - 针对新代青年的寄语与期待
4. 联省自治商榷书 - 关于地方治理的理论探讨
5. 关于葡萄牙侵略与澳门主权的提案 - 回收澳门主权的主张
6. 《中国古代文学史》总论 - 中国文学史的重要篇章
7. 文学论与孔子文艺思想研究 - 文学理论与历史背景的结合
8. 白话文的价值分析 - 对语言革新的见解
9. 非“折中派文学”探讨 - 独特的文学批评立场
10. 社会心理在古代文学中的体现 - 文化心理的研究
11. 整理古籍的方法论 - 古籍整理的重要方法
12. 中国史学起源与派别的探讨 - 历史学术的深入剖析
13. 《广东通志》的编纂原则 - 地方志编纂的详解
14. 史学研究与《史通》的批评 - 对史学经典作品的解读
15. 史阁考与南明史官的研究 - 历史人物与史官角色的历史考察
16. 建立档案库和国史馆的提议 - 文献保存与历史研究的未来设想
17. 纵横家与道家的联系 - 历史哲学的视角
18. 中国法家的历史观念分析 - 法治思想的历史演变
19. 对中国古代种族起源的反驳 - 对传统观点的挑战
20. 文字学中的种族观察 - 从文字中揭示的民族特征
21. 古代铁制兵器的南方起源论证 - 军事历史的实证研究
22. 李唐姓氏起源的质疑与反驳 - 家族历史的深入探讨
23. 明成祖生母问题的再审视 - 皇室血脉的复杂性
24. 云南濮族和两爨氏族的研究 - 地方民族历史的探索
25. 中国早期台湾经营的概述 - 台湾历史的早期篇章
26. 北京大学史学系的历史回顾与未来设想 - 教育与学术的发展
27. 中国史学会发起的动机与期望 - 历史学社团的成立意义
28. 大学历史学课程的审查意见 - 教育实践与学术标准
29. 南明史编纂计划 - 历史编纂的重要项目
30. 建议增设中国分代史讲座 - 教育改革的呼吁
31. 中国通史研究案 - 历史整体观的探讨
32. 章太炎先生的史学贡献 - 重要史学家的研究
33. 《中国文学史要略》序 - 文学史著作的导言
34. 多部著作的自序与序言 - 对学术成果的自我解读
35. 其他著作的跋文 - 对历史文献的深入解读与评价