苍南县人民政府办公室设有多个内设机构，每个科室承担着不同的职责：
秘书一科负责文件管理，如收发、打印、归档，以及重要会议的会务工作，包括印章管理和机要保密工作，同时处理领导交办的其他事项。
秘书二科主要处理日常行政事务和后勤服务，协助干部管理，负责老干部工作，政工、财务和行政接待，以及安全保卫和值班等任务。
综合一科负责起草政府工作报告和重要文件，参与调查研究和政策协调，准备各类会议材料，处理领导批示等。
综合二科则负责分管副县长会议的相关工作，包括材料准备、文件起草、政策协调等，并负责领导批示的传达和落实。
信息督查科承担政务信息处理，提供信息服务，组织办公自动化和信息网络建设，以及政府议案和提案的办理与督促检查。
法制办公室负责规范性文件的计划、协调和起草工作，参与行政复议和赔偿事务，以及政府法制的宣传和培训工作。
打私办公室负责打击走私工作，组织协调，处理举报，编写相关文件，落实领导指示。
体改办公室负责经济体制改革的研究和实施，指导企业改革，参与各领域的体制改革，并起草相关文件进行督查。
外事侨务办公室执行国家政策，管理侨务工作，处理外事活动，负责审核出国事宜，起草相关文件并负责指示传达。