利用DNA同源重组的特性进行整合，具体解释请自己百度一下。
一般方法和步骤:
确定目的基因需要整合到基因组上的位置；
设计整合片段：目的基因两端连接与基因组上目的基因的位置两端的序列同源，这两个片段分别称之为上、下同源臂，长度一般在70bp至200之间，上下同源臂之间一般除了目的基因还要带上筛选标记基因，同源臂之间（包括同源臂）这一段序列称为插入片段；
插入片段可以直接电转化或者显微注射转化筛选，一般需要多次实验才能成功，而且大部分细菌暂时无法电转化和显微注射；
不能直接转化的，插入片段需要构建到载体质粒上（在大肠杆菌上完成），载体要带有自杀原件或者负筛选标记，再转化到目的菌株筛选。
具体技术过程，可以查找微生物同源重组、基因组整合这些文献参考。