宝鸡市国土资源局的内部机构主要分为内设科室和局属单位两大部分。内设科室包括:
办公室，负责日常管理和协调工作。
人教科，关注人力资源管理和教育培训。
监察室，承担监督与内部管理职责。
监督监察科，着重于土地利用的监督和执法。
地籍管理科，负责土地权属的登记和管理。
耕地保护科，致力于耕地资源的保护与合理利用。
土地利用管理科，对土地资源的规划和利用进行指导。
矿产资源管理科，负责矿产资源的勘查、开发和管理。
地质环境科，关注地质环境保护和地质灾害防治工作。
在局属单位方面，有：
土地地价评估所，承担土地价值评估的任务。
土地收购储备中心，负责土地的收购和储备工作。
统一征地办公室，统一协调和实施征地工作。
土地执法监察支队，执行土地法规，维护市场秩序。
土地综合利用管理所，推动土地资源的综合开发利用。
市滑坡防治办公室，专责滑坡灾害的预防与治理。
此外，市国土资源局还设有直属分局，包括：
金台分局，服务于金台区的国土资源管理工作。
渭滨分局，负责渭滨区的资源管理。
陈仓分局，服务于陈仓区的土地资源。
高新技术产业开发区分局，针对高新技术产业区的特殊需求进行专门管理。