昆明轨道交通的发展历史可以追溯至1993年，当时在昆明与苏黎世共同编制的《城市发展与公共交通总体规划》中首次提出了轨道交通的概念。2004年，昆明市政府正式决定启动轨道交通项目，标志着这一进程的正式启动。
2005年，昆明完成了初步的地铁规划，规划中包含5条线路：1号线从金龙饭店出发，连接火车站并向东南延伸至呈贡东城，全长23.7公里；2号线南北贯穿主城，从银河片区北部延伸至滇池北岸南市区，全长20.9公里；3号线东起东部客运枢纽，向西进入市中心，再西南通向滇池度假区，全长18.8公里；4号线从高新开发区起，经过市中心，至东部黑土凹，全长15.2公里；5号线则为米轨改造，西起石嘴站，全长41.6公里，沿途经过中心区和呈贡新城。
2006年，轨道交通规划得到省建设厅的审批，随后在2007年进行了规划修改，从5条线路扩展到6条，昆明市政府成立了专门的“轨道交通建设小组”。2008年3月，昆明轨道交通规划正式上报国家发改委和建设部。同年12月19日，昆明地铁一号线试验段破土动工。
2009年，国家层面给予了重要支持，6月8日和19日，国务院和国家发改委先后批准了昆明地铁的规划。2009年9月8日，昆明地铁一号线南段开始建设。2010年，昆明地铁建设进入快速发展期，多个线路的开建如火如荼，如6号线一期、一、二号线北段、一号线南延长线以及三号线试验段。
2011年，国家发改委批准地铁三号线的可行性报告，昆明地铁的建设进入了全面铺轨阶段。然而，2013年1月8日，首期工程南段在试运行中发生了一次事故，列车部分设施脱轨，造成一定损失，但这也凸显了昆明地铁建设的重要性和安全性的双重挑战。
昆明轨道交通是服务于云南省昆明市及其周边的城市轨道交通系统，是全国轨道交通种类比较齐全的系统之一。系统包括昆明轨道交通有限公司正在建设并即将运营的昆明地铁系统，昆明铁路局开行的城市米轨列车以及于2013年开通的环滇池列车。2012年6月28日，昆明地铁6号线（机场线）正式通车，标志着昆明成为自苏州后第二个拥有城市轨道交通的地级市，同时成为中国大陆第一个拥有城市轨道交通的地级省会。