根据《土地管理法》、《关于规范农村宅基地审批管理的通知》等文件的的规定，农村村民住宅用地，由乡镇政府审核批准。建议先到当地人民政府问清楚为什么审批不通过吧。
农村建房要遵循《土地管理法》等法律规定，如果属于以下情形，申请拆旧建新是不会被批准的：
1、不符合“一户一宅”原则的房屋
因各种原因，很多朋友家拥有多处农村房屋。但因宅基地需满足“一户一宅”原则，所以，对超出“一户一宅”的房屋是只允许使用到房屋倒塌为止的，是不能拆掉重建的。
2、非集体经济组织成员继承的房屋
因宅基地属于农民集体所有，所以，宅基地的使用主体必须为本集体经济组织成员。如果非集体经济组织成员继承了农村房屋，那其对继承的房屋是只允许使用到房屋倒塌为止的，是不能拆掉重建的。
3、占地面积超出宅基地面积标准的房屋
目前，农村很多家庭的房屋所占面积都是超出了当地规定的宅基地面积标准的，虽然目前大部分地区对超出面积部分都是采取了“保持原状”的政策，不会强制拆除。但是，相关政策也明确规定了，超占的面积在以后分家、房屋重建时是要进行处理的。
如果旧房占地超出了宅基地面积标准，那在拆旧建新时，超出的面积部分是不能继续使用的。比如说，某村民家旧房占地300平，但当地政策规定，宅基地面积不能超过220平，那该村民在建新房时，最多只能使用220平的面积，多余的80平是不能占用的。
4、不符合土地利用总体规划的房屋
根据《土地管理法》第四条第三款规定，使用土地的单位和个人必须严格按照土地利用总体规划确定的用途使用土地。
虽然土地利用总体规划是土地利用的中长期规划，但也不是永久不变的，有些农村房屋建得比较早，如果当时跟现在的规划不同了，那想原址重建也是不会被批准的。
5、当地已停止宅基地审批工作
很多朋友肯定都感受到了，当地的宅基地是越来越紧张了，有的地区已到了无地可批的境地了，所以乡镇就停止了宅基地审批工作，鼓励村民集体建房。