根据上述职责，市卫生局设7个职能科室。
（一）办公室
组织协调局机关日常工作；负责局机关文电、会务、督办、信息、信访、档案、机要、调研、安全保密、新闻宣传、安全生产、资产管理、政务公开和综合性文稿起草等工作。
（二）政工科
负责局机关和直属单位的党群、人事管理、机构编制、外事等工作；组织开展卫生行业的行风建设和精神文明建设，建立和完善行业自律机制；组织实施全市卫生人才发展规划，指导卫生行业高层次人才引进工作；负责局机关并指导直属单位离退休人员的管理服务工作。
（三）规划财务科
拟订全市卫生事业发展规划，规划协调全市卫生资源配置；指导相关预算管理单位的财务、基本建设、政府采购工作；监督国有资产管理工作；负责药品和医疗器械采购监管工作；提出市级医疗服务价格的政策建议；承担卫生统计与信息工作；指导基层卫生体系建设。
（四）医政科（挂药物政策与基本药物制度科牌子；基层卫生与妇幼保健科与其合署）
拟订医疗机构、医疗技术应用、医疗质量和服务、采供血机构管理等有关规划、政策、规范、标准并组织实施；承担医疗机构医疗服务质量和执业医师、执业护士资格制度的实施和监管；指导医院药事、临床重点专科建设、医院感染控制、医疗急救体系建设、临床实验室管理等有关工作；承担推进公立医院改革工作；拟订医学科技、教育发展规划，组织实施重点医药科研攻关项目，指导医学科技成果的推广工作；承担医药卫生实验室生物安全的监督管理工作；组织实施卫生专业技术人才岗位培训工作；组织开展继续医学教育和毕业后医学教育工作；组织指导政府及民间医疗卫生对外交流、合作与援助工作；贯彻执行国家基本药物制度和国家药物政策，组织实施药品法典、国家和全省基本药物目录并监督指导。
承担综合管理农村基本卫生保健和新型农村合作医疗工作，拟订有关规划、政策、标准并组织实施；组织指导农村卫生服务体系建设和乡村医生相关管理工作；监督指导农村卫生政策的落实；拟订社区卫生服务相关规划、政策和工作标准并组织实施；指导社区卫生服务体系建设和业务管理工作；拟订妇幼卫生发展规划、政策措施、技术规范并组织实施；依法监督管理母婴保健服务机构、专项技术和执业人员的准入；监督指导《母婴保健法》、《妇女发展纲要》、《儿童发展纲要》的实施；拟订健康教育相关规划、政策措施并组织实施。
（五）市中医药管理办公室（挂市干部保健办公室牌子）
拟订全市中医药事业发展规划，并组织实施和监督检查；对全市中医医、教、研和中西医结合及民族医疗保健工作进行宏观管理与业务指导；负责市保健委员会确定的保健对象的医疗保健工作；负责市直干部保健对象及全市重要会议和重大活动的医疗卫生保障工作；指导全市干部保健工作。
（六）疾病控制科（挂市爱国卫生运动委员会办公室牌子；卫生应急办公室〈挂市突发公共卫生事件应急指挥中心牌子〉与其合署）
拟订疾病预防控制和爱国卫生运动方面的政策；拟订全市重大疾病及公共卫生相关疾病的防治规划、上级免疫规划和严重危害人民健康的公共卫生问题的干预措施并组织实施，完善重大疾病防控体系；承担实施突发公共事件的疾病预防控制工作；承担法定报告传染病疫情信息的有关工作；承担地方病防治、爱国卫生运动方面的有关工作。
拟订全市卫生应急和紧急医学救援规划、制度、预案和措施并组织实施；指导和组织突发公共卫生事件的预防准备、监测预警、处置救援、分析评估等卫生应急活动，对重大自然灾害、事故灾难、社会安全事件等组织实施紧急医学救援；组织实施对突发急性传染病防控和应急措施；承担突发公共卫生事件应急处置信息的有关工作。
（七）食品安全与卫生监督科
依法参与食品安全重大事故的查处；负责食品及相关产品的安全风险监测、评估和预警工作；指导规范卫生行政执法工作；按规定负责职业卫生、放射卫生和学校卫生的监督管理工作；负责公共场所的卫生安全监督管理工作，负责饮用水的卫生安全监督管理工作；负责医疗机构监管和传染病防治监督工作等。
