房屋因纠纷被判合同无效,退款同时还房,交易时缴纳的个税可以申请退还。你可以提出书面申请,并附上人民法院的判决书或裁定书,即可办理退税手续。以及房地产权属的转移以房地产权利证书的取得为标志等，契税纳税义务的产生，不应以房屋买卖合同的签订为标准，而应以取得权属转移合同或者证书为标准。而你与出卖方仅仅签订了购房合同，还没有签订房屋权属转移合同，因此你还没有发生契税的纳税义务，现在终止购房合同，应当退回应缴契税的款项。
《中华人民共和国契税暂行条例》第八条契税的纳税义务发生时间，为纳税人签订土地、房屋权属转移合同的当天，或者纳税人取得其他具有土地、房屋权属转移合同性质凭证的当天。
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