瓮安县人民检察院的内设机构分工明确，各司其职。首先，办公室作为综合部门，负责检察信息、统计、档案管理、文字综合、工作监督、保密通信、文件处理以及内外协调等繁重任务，是检察院运营的中枢。
政工科作为党组的办事机构，专责于全院队伍建设和思想政治工作的推进，致力于塑造和维护良好的检察团队精神。
纪检组和内设监察部门承担着纪律检查和行政监察的重任，确保检察院内部的公正廉洁。
侦查监督科则是检察院的执法监督部门，负责审查批捕、刑事立案监督和侦查活动的监管，维护司法公正。
公诉科扮演着关键角色，代表国家起诉刑事犯罪案件，同时监督侦查和审判过程，是检察院与外界交流的重要窗口。
反贪污贿赂局和反渎职侵权局是打击职务犯罪的主力军，前者专注于贪污贿赂案件的查处，后者则关注国家机关工作人员的渎职侵权行为。
监所检察科确保刑罚执行和监管改造机关的执法活动合法，维护服刑人员的合法权益。
民事行政检察科则对民事审判和行政诉讼实施法律监督，保障司法公正的实现。
控告申诉检察科是连接检察院与公众的纽带，通过处理控告申诉，获取案件线索，积极参与法律监督。
科技手段在检察工作中不可或缺，技术科运用科技手段收集、审查和鉴别证据，确保案件事实的准确无误。
最后，计财科负责检察院的内部保障和行政管理工作，保证机构的正常运转。
而职务犯罪预防科则将检察职能与预防工作相结合，推动预防职务犯罪的深入进行。