2001年4月4日，国务院作出决定，撤销了斗门县，设立了珠海市的斗门区和金湾区。在这一变革中，金湾区获得了香洲区的三灶、小林和南水三个乡镇，以及原斗门县的平沙和红旗两个镇的管辖权。
随后在2003年，红旗镇和小林镇合并，形成了新的红旗镇。调整后的金湾区行政区划中，包含了红旗、平沙、南水和三灶四个主要的乡镇。
然而，到了2006年7月1日，珠海市委和市政府实施了一项重大改革，将高栏港经济区和南水镇的管理体制进行了“区镇合一”，使得南水镇从金湾区的管辖范围内划出，归属高栏港经济区管理。
最后，在2009年10月18日，金湾区和高栏港经济区的管理体制再次调整，平沙镇也从金湾区的管理下划归至高栏港经济区，进一步明确了两个区域的行政边界和职能划分。
金湾区于2001年4月4日经国务院批准成立，位于珠海西部，是珠海市三大行政区之一。下辖三灶镇、红旗镇。区内还有珠海市的三大经济功能区——珠海航空产业园、珠海国家高新区三灶科技工业园和高栏港经济区，以及市设工业园区——联港工业区。