1380年，莫斯科大公德米特里为了他的军队能够有正确的正教信仰和把自1237年以来就受到蒙古人的残酷压迫的国家从蒙古人的统治下解救出来而请圣谢尔盖赐与祝福。在圣人的祝福下还击不敬畏上帝的敌人，伟大的大公于九月八日在顿河河畔库里科沃旷野大败蒙古马迈的军队。此战是中世纪规模最大的战役之一。这次胜利打破了蒙古人不可战胜的神话。德米特里大公因此被称为“德米特里-顿斯科伊”，意即“顿河的德米特里”。之后王子成为了三一修道院的资助人。
1392年9月25日，圣谢尔盖神圣与纯洁的灵魂回到了上帝的怀抱。他的大弟子尼康成为了他三一修道院院长职位的继承者。
圣尼康（1355-1426）来自尤里耶夫－博里斯奇城（位于罗斯托夫与剌多尼兹之间）。他很早就到了圣三一修道院，这也是为什么圣谢尔盖安排他的弟子舍普克托弗的基奥托卡斯修道院院长圣安德哈纳修斯指导他的原因。1375年圣尼康回到了圣三一修道院并且成为圣谢尔盖最亲密的帮手。圣谢尔盖在他临终前半年将修道院的领导权交给了圣尼康并发誓他自己将沉寂。圣尼康担任修道院院长一职至1426年他去世。
圣尼康修复了在1408年耶蒂戈汗入侵时被毁的整个修道院。1422年圣谢尔盖的圣骸在圣三一大教堂里发现。圣尼康委托了著名的圣像画家安德列－鲁博列夫和旦尼尔 布莱克绘制了大教堂的壁画。壁画于1425年绘制完成。
圣尼康逝世于1426年。他被埋葬于1548年被封圣后一年专门为其在圣三一大教堂建造的南墙内。教堂于1623年重建。在教堂的西墙有一个被称为赛拉芬之帐的小礼拜堂。他建造在诺夫哥罗德主教圣塞拉芬墓地之上。
沙皇伊凡四世对圣谢尔盖有着特别的敬仰。在他统治的时期，修道院被12座塔与石墙环绕着。在对鞑靼人的战争及对喀山和阿斯特拉罕两个王国战争胜利后，沙皇开始建造巨大而华丽的教堂，以作为对圣母安息的纪念。这是一个克里姆林宫圣母安息大教堂的翻版。所有的墙壁，柱子和拱顶都绘有教会历史的壁画。这些壁画的大部分描绘了圣母安息之景。柱子上的壁画是一些正教最伟大的圣人的圣像。大教堂华丽的壁画是由35位画家在1684年用100天的时间创作的。壁画覆盖的面积达500平方米。五层的圣像壁拥有76幅可以追述到16－17世纪的圣像。十七世纪著名的皇家画家西门－乌萨可夫也参加了圣像壁的创作工作。
在圣母安息大教堂内安放着两位曾任莫斯科牧首的圣人的圣骸——圣斐剌芮德（德若斯多夫 1876）和圣因诺肯提（畏尼阿米诺夫 1879）。在西墙右边的入口旁你可以看见玛茄里奥斯（布勒加科夫 1882）的坟墓。玛茄里奥斯是莫斯科牧首，他因其在俄罗斯教会史和教条神学方面的卓越贡献而闻名于世。
1467年在1412年由圣尼康主持修建的木制圣三一堂的原址上修建了一座新的单穹顶的圣灵降于使徒堂。这座教堂的承建者是来自普斯克夫修建过莫斯科克里姆林宫的建筑队。在教堂的圆顶下建筑者修筑了一座开放式的钟楼。在1608-1610年修道院被波兰人包围期间这座教堂被用作了望塔。
圣灵教堂与圣三一大教堂构成了一个整体。圣灵教堂的壁画于1655年完工，但是在19世纪中叶被油画所取代。圣像壁是由大修道院的木雕艺人在1866年用红木雕刻的。在教堂内安放了希腊的圣马克希姆（1556）和拉德尼兹的圣安东尼奥（1877）两位圣人的圣骸。圣马克希姆是他那个时代希腊最博学的人之一。1518年他受伟大的莫斯科王子巴兹尔三世（瓦西里三世）的邀请从阿托斯来到莫斯科将希腊语的礼拜仪式典籍和圣教父们的著做翻译成俄语。他自己也撰写了大量的神学著作。1556年他逝世于修道院并被安葬于此。1988年被封为圣。
圣安东尼奥于1996年被封为圣。自1770年以来莫斯科大牧首就由修道院院长兼任。圣安东尼奥于1831-1877年期间任修道院主管。
