审计机关审计档案工作准则旨在规范审计档案管理，确保其质量与作用的发挥。根据相关法律法规，如《中华人民共和国档案法》、《中华人民共和国审计法》和《审计基本准则》，制定以下准则。
审计档案定义：审计机关在审计项目或专项调查中产生的具有保存价值的文件，包括纸质、磁质、光盘等形式的历史记录，对国家档案体系至关重要。
审计档案工作内容：包括档案的建立、收集、整理、保管、利用、编研、统计、鉴定和移交等，实行统一领导和分级管理，审计署负责全国工作，地方审计机关接受上级监督指导。
审计机关需设立专门机构或配备专职人员负责档案管理工作，职责包括执行法规、监督立卷归档、保管利用审计档案，以及对下级审计机关的指导。
档案管理规则：文件材料按审计项目立卷，文件排列遵循特定顺序。审计档案的建立以审计组负责制为原则，文件材料的收集、整理和归档需遵循严格规定。
对于重要文件，如审计通知书、审计报告等，应妥善保管并定期进行鉴定和移交。电子审计档案的管理则另作规定。
审计档案的安全性是核心，包括保管条件、密级标识、专用库房设置以及信息化管理。档案丢失或滥用将受到严肃处理。
此外，审计档案的利用仅限于审计机关内部，特殊情况需经主管领导批准。审计机关还需定期统计与分析审计档案的管理情况，并按规定向上级报告。
本准则自2013年1月1日起施行，旧准则予以废止。审计机关审计档案管理规定旨在提升审计质量，保障档案安全，促进审计作用的发挥。
2001年8月1日，中华人民共和国审计署令第3号公布《审计机关审计档案工作准则》。该《准则》共26条，自发布之日起施行，1996年12月16日审计署发布的《审计机关审计档案工作的规定》（审办发〔1996〕356号）予以废止。2012年11月28日，中华人民共和国审计署、国家档案局令第10号公布《审计机关审计档案管理规定》。该《规定》第27条决定，废止2001年审计署发布的《审计机关审计档案工作准则》（2001年审计署第3号令）。