修持
萨迦派的修持，是以清净持戒作为基础，广泛地闻习那些由班智达和大译师所译订、由智者和证士们所讲修故而为具足智慧者共许认可的显密典籍。在此基础上，对这些典籍的文字的组合、内意的解释、仪轨的程序等细微之处，应用“真实的”或“假设的”、“用意”和“目的”、“自他宗派的差别”等思维所生之智慧，详细地断除以无为有、以有为无的增损。在对人讲说或著书立论之时，也应结合教理和证理而论证成立。同时，按照上师传承的窍诀所出，无有迷乱地守护。除此之外，未参杂、沾染一点其它典籍的说法和自己造作的污垢。 修持甚深的共道，特别是修持具四正量的耳传《宝训道果法》时，最初先以因时的灌顶成熟相续；至中间阶段，道时的灌顶之水流未消失，于四座领取此灌顶以养育，即串习二次第的四种灌顶之修道；最后以果时的灌顶，于今生或中阴等时，决定获得最胜大手印的成就，故比其它道更殊胜。
见地
萨迦派最有特色的见地即是其“轮涅无别”的说法。所谓“轮涅无别”，是将明分有法（事物、现象）称为“轮回”；而有法之法性（本体）空分，则作为“涅盘”，此二者无别，故称为“轮涅无别”。总而言之，一切轮回涅盘的现象，都是自心唯一离戏本性所生起的种种之相，除心之外，真实不成立。而此心本身，虽受暂时之影响，而生为各别之形相，但于它们的本质，善恶皆不成立。比如用一块铜器铸成狗盆时，即成为下劣之处和呕吐之境；而如果将铜器装上足环、手镯等装饰，用作国王的食盘时，就没有呕吐的感觉，反而成为美食和奇特之处；同样，将此物做成佛像，开光之后，便成为礼供之境，且依于此像而能积聚福德资粮之境。虽然此铜器暂时的形相现似有优劣，但铜自身的本质，没有一点好坏的差别，虽现似显现但真实不成立，故自性空；正空时而显现，正显现时而空，故称为“自性双运”。
道果法
道果法，又称为《宝训》，是萨迦派《深法宝训道连同果法》的简称。由印度大成就者比瓦巴依于所有无上瑜伽续部以及《喜金刚》根本和注释的三续，特别是根本的《二品续》，而著述论典《根本金刚偈》和修持的引导文《宝训道连果之教诫》，传授给弟子纳波巴和仲比巴，此后辗转传入西藏，并为萨迦派祖师所继承弘扬，最终成为萨迦派不共、特殊之法门。在《宝训道果法》中，是以三现分作为修持之基础，以三续作修持之正行，以四种正量和四种耳传作为断除修持之增损，以五种缘起决断道之地界。如此修持，而次第出三种汇聚界之时，应了知精通发挥效力的七种窍诀和消除障难的诸教诫类而修持，就将打破宗派而成佛。
