杭州市城市管理行政执法局根据职能划分设有多个内设机构，具体如下：
办公室: 负责委（局）的日常综合协调工作，包括规章制度建立、文电处理、会务组织、安全保卫、行政后勤等。
组织人事处: 管理委（局）及直属单位的人事编制，指导城管执法队伍建设，负责离退休人员管理工作。
政策法规处（挂行政审批处牌子）: 起草地方性法规草案，制定行政处罚实施细则，推进依法行政，管理重大案件审核和行政复议工作，负责行政审批项目审批和制度改革。
计财装备处: 负责专项资金管理，编制预算并监督实施，负责装备和服装配置、财务管理工作。
规划科技处: 制定城市管理发展战略和规划，指导技术引进和成果推广，负责城市管理目标责任制和课题调研。
基础设施运行管理处: 执行市政管理法规，负责设施更新改造和运营管理，监督道路停车收费和无障碍设施建设。
市场管理处（挂市节约用水办公室牌子）: 执行公用行业管理法规，负责供水、燃气行业的管理，承担节水和公共自行车规划工作。
景观管理处: 负责城市景观照明管理和监管，推进新技术应用，负责户外广告设置审批。
环境卫生管理处: 组织实施环境卫生法规，负责环卫设施管理，指导垃圾分类处置工作。
市容秩序管理处: 统筹市容秩序，负责违法停车和非法广告清理，以及犬类饲养许可审批。
综合协调处: 负责跨部门协调，组织专项执法和集中整治工作，参与重要活动保障。
统筹指导处: 贯彻城乡统筹政策，推进城市管理一体化，指导区县城市管理。
执法督察处: 负责全市行政执法督察，监督执法行为，处理违章违纪问题。
城市抗灾防灾处: 制定应急预案，协调自然灾害应对和灾后恢复工作，负责物资储备和信息报告。
宣传教育处: 负责媒体沟通、新闻发布和教育培训工作，协调新闻报道。
机关党委: 负责委（局）的党群工作。