中科院与中国社会科学院两者是平等并列的，社科院的前身是中科院的科学技术部。 中科院和中国社科院旗下，都有各自研究院所，承担不同的研究及研究生培养任务。两院指的是中国科学院和中国工程院的统称。
1、中国科学院
成立于1949年11月，为中国自然科学最高学术机构、科学技术最高咨询机构、自然科学与高技术综合研究发展中心。
在解决关系国家全局和长远发展的重大问题上，已成为不可替代的国家战略科技力量。一批科学家在国家重大科技任务中发挥了关键和中坚作用，并作为我国科技界的代表活跃在国际科技前沿。
2、中国社会科学院
中国社会科学院是由中共中央直接领导、国务院直属的中国哲学社会科学研究的最高学术机构和综合研究中心，其前身是1955年成立的中国科学院哲学社会科学部。
在美国宾夕法尼亚大学发布的《2014全球智库报告》中，中国社会科学院以第20名的成绩跻身“全球智库50强”，并蝉联“亚洲最高智库”。
3、二者关系
两者是完全独立的，中科院主要是研究自然科学，社科院是研究社会科学，两者研究方向不一样。
不过，社科院以前是中科院下面的一个部（中国科学院哲学社会科学学部），1977年5月，该部从中国社会科学院独立出来，成为中国社会科学院。
4、各自研究生院的不同点（截至2016年11月底）
（1）研究生院数量不一样。
中国科学院共拥有12个分院、100多家科研院所、3所大学、130个国家级重点实验室和工程中心,210多个野外观测台站；
中国社会科学院拥有6大学部，近40个研究院所，10个职能部门，8个直属机构，2个直属公司，180余个非实体研究中心，主管全国性学术社团105个，并代管中国地方志指导小组办公室。
（2）研究方向不一致。
中国科学院研究生院主要是研究自然科学；
中国社科院研究生院主要是研究社会科学。
（3）研究内容不一样。
中国科学院研究生院主要研究内容是物理、化学、材料科学、数学、环境与生态学、地球科学等学科；
中国社科院研究生院主要研究内容是哲学、理论经济学、应用经济学、统计学、法学、政治学、社会学、民族学、马克思主义理论等学科。
（4）在学研究生数量不一样。
中科院研究生院在读研究生在学研究生6.4万余人；
中国社科院研究生院在读研究生3100余人。
5、两院指的是中国科学院和中国工程院。
中国科学院成立于1949年11月，为中国自然科学最高学术机构、科学技术最高咨询机构、自然科学与高技术综合研究发展中心。
中国工程院于1994年6月3日在北京成立，是中国工程技术界最高荣誉性、咨询性学术机构，国务院直属事业单位。
