1901年，有意在华发展医学教育的耶鲁大学毕业生在美国康州成立了雅礼会（Yale—in—china）。
1903年，选定长沙兴医办学。
1906年，Johns Hopkins University毕业生胡美（E.H.Hume）受邀在长沙市的西牌楼，正式开办了湖南省内的第一所西医医院—雅礼医院。与同时开办的雅礼学堂隔街相望。
1914年7月21日，由湖南育群学会代表湖南省政府出面，与美国雅礼会合作，按照1913年7月双方兴办医学的“草约”，正式签订了合作创办医学教育的“十年协定”。根据这个协定，湖南育群学会和美国雅礼会联合在长沙创办一所新型的西式医科大学——湘雅医学专门学校，并推举颜福庆博士为第一任校长。这个《协定》上呈北洋政府国务院后，很快得到了内阁教育、财政、内政、外交等各个部门的批准。12月8日在长沙市潮宗街举行了学校成立大会暨开学典礼。从此，在中国教育史上，颜、胡、谭携手，开拓了中美合作办高等医学教育之先河，创办了湘雅医学专门学校。
1915年2月，湘雅医学会接收了西牌楼雅礼会医院，并将其迁入潮宗街公房医学校之东部，更名为湘雅医院；雅礼护病学校则更名为湘雅护士学校。在湘雅医学会的管理下，湘雅医学专门学校、湘雅医院和湘雅护士学校，既是统一整体，彼此连结，互为依存，又彼此独立，自成体系。
与此同时，湘雅医学专门学校报呈北洋政府国务院及教育部立案，并迅速在外交部等，争取国内外财政资助与地方合作。其时，颜福庆校长的哥哥颜惠庆，在北京，先任北洋政府外交部长，后任内阁总理。通过颜惠庆从中斡旋，湘雅医学专门学校乃于1915年9月顺利地被北洋政府核准立案。
1915年，湖南育群学会呈请湖南省政府拨款，在长沙市北门外的麻园岭购地3000多方（合9英亩，54. 9市亩），即在现今湘雅医院东部筹备建筑及校舍。美国雅礼会亦通过募捐，在与校区毗邻的西部购地1400方建筑新医院——湘雅医院。10月8日，新医院开工兴建，美国约翰·霍普金斯大学的威尔逊教授主持了奠基典礼。
1924年7月，湖南育群学会和美国雅礼会联合创办湘雅“十年协定”届满。经双方反复磋商，决定继续合作办学，并于 1925年5月8日，双方代表签定了续约十年的协定。它与第一次协约的不同之处主要有三点：
1、将湘雅医学专门学校更名为湘雅医科大学；
2、湘雅医科大学全权为中国方面管理，学校董事会完全由湖南育群学会负责产生；
3、湘雅医院仍然由湖南育群学会和美国雅礼会双方共同管理，并由双方派代表联合组成医院董事会。
合办湘雅的续约，送请北京国务院、内政、外交、教育等部，以及湖南省省长公署、内政、教育各司审批，均准予备案。根据续约的条款安排，改组了校、院董事会。湖南育群学会选举曹典球为湘雅医科大学校董事会董事长。湖南育群学会和美国雅礼会共同推选龙绂瑞为湘雅医院董事会董事长。
其间，湘雅医科大学的应届毕业生分派在全国各大医院临床实习。李振翩所在的第五班学生在北京协和医院实习时，正遇上孙中山先生在该院住院治疗。应同学们的请求，孙中山先生挥毫题写了勉词（如右图所示）。
孙中山先生提写的这一勉词，刊发在1925年6月湘雅医科大学学生部李振翩主编的《湘雅》杂志上。
大革命时期在声势浩大的排外浪潮中，外籍教师离湘后，中方教师也相继离开了湘雅，湘雅停办。
1929年，颜福庆主持了湖南育群学会的特别会议，重组了由25人组成的湘雅校董会；任命王子玕博士为湘雅医科大学校长，兼湘雅医院院长、湘雅护士学校校长；确立学制为七年。
1931年，民国政府教育部核准湘雅医科大学校董事会立案；同年12，学校更名为私立湘雅医学院。 1937年11月24日，长沙城遭敌机轰炸。接着，南京陷落，武汉告急，张孝骞和校友们不忍将湘雅医学院陷入敌手决定西迁。然而，这一决策却遭到了雅礼会的强烈反对。美国人认为，即使长沙沦陷，湘雅仍可依赖屋顶上的美国星条旗保护。对此，张孝骞予以断然拒绝，并得到了全校师生员工的支持。
为此，学校成立了迁校委员会。原拟定低年级学生迁往西南继续随校学习，高年级学生及湘雅医院留守长沙，以协助湖南的抗日救护及卫生防疫工作。后教育部与湘省却批迁广西桂林。
1938年7月1日，湘雅医学院便将首批设备装船驶离长沙。当时船到衡阳，就接到广西方面撕毁原协约的信息。广西省政府的条件是：抗战胜利后湘雅医学院须留在桂林，不再返湘。这使张孝骞难以接受。而当时在贵州省贵阳市的各医事机关，热烈欢迎湘雅迁筑，并表示愿意协助湘雅的临床教学工作。南京中央医院亦西迁贵阳；新成立的贵阳医学院也急盼湘雅支援。于是张孝骞毅然赶赴贵阳察访，喜得沈克非院长和姚克方所长的热忱支持与帮助，故张孝骞当机立断，决定西迁贵阳。返回长沙后，经多方努力，他租用了西南运输处的回空车辆，将全校40多吨教学仪器和图书资料等经桂运筑；而260多名学生、教职员工及其家属，则乘车经湘西赴贵阳。辗转经过一个星期，终于在1938年11月胜利完成了学校的大转移。这次搬迁，由于张院长精心组织，周密部署，人员货物完好无损。到贵阳后，学校先在东山，后在次南门外的石洞坡，租赁民房，草建校舍，于10月24日正式上课。
1938年11月23日凌晨，长沙城在“文夕大火”中几为灰烬。湘雅护校遭解散，仅湘雅建筑幸存。1944年日军进逼长沙，湘雅医院医护职工和家属被迫逃亡湘潭和安华，而湘雅建筑群则化为断壁残垣。 1940年6月1日，国民政府行政院召开469次会议，讨论批准了湘雅医学院国立案；并于同年8月，正式将学校更名为国立湘雅医学院。自此，湘雅每年得到教育部拨给的教育经费20万元，从而缓解了经济困难。
1944年，因战事迁校重庆杨公桥。
1945年至1946年，湘雅人员分五批先后回到长沙。
1949年8月5日，长沙和平解放。9月7日，中国人民解放军长沙市军事管制委员会文化接管部部长袁任远、副部长刘寿棋、江峰联合签发文教手第二号命令，定于9月11日开始接管国立湘雅医学院，并派郑琼为接管代表。9月8日，凌敏猷院长签发“奉令派员接管布告”，并遵嘱要求在接营期间，本校各部负责人应经常驻校，随时准备接管。 1949年，中国人民解放军长沙市军事管制委员会文化接管部接管国立湘雅医学院。
1951年12月8日校庆日举行，从而正式确立了湘雅医学院领导湘雅医院，湘雅护校的管理体制。
1953年4月1日，学校主管领导关系亦由中南军政委员会卫生部领导划归中央卫生部领导，学校各项经费预算，皆由中央财政委员会交高教部拟定。4月14日，学校填报给中央卫生部的各项数据如下：校园基地面积75076.57平方米，使用面积为23094.47平方米，学校经费核定为101亿余元，附属医院维持费为28亿余元。
1953年6月11日，中央人民政府卫生部批复：定于当年10月1日，将湘雅医学院正式更名为湖南医学院。相应的，附属医院和附设护校相继更名为湖南医学院附属医院、湖南医学院附设护士学校。
当时全校拥有教职员工2823人；拥有本科、专科、医师班、检验班、技术生、高级中级师资班各类学生946人；校园面积134011.13平方米（合201亩）；图书馆藏各类图书5500余种，约合近万册。其中，中外文各类专业杂志近600种；附属医院有病床460张，年门诊量逾22万人次，年出院人数超过6000人次。全校各二级行政、业务机构共38个。
从1979年起，湖南医学院（包括附属医院）经费、外汇、基建投资和进口仪器设备等，由卫生部负责。
自1979年，与美国“中华医学基金会”等组织取得联系，在“不干涉内政、不传教、不妨碍与其它团体发展关系”的条件下，经国务院批准与美国雅礼协会恢复了合作关系。 1987年，学校按照党的第十三大关于党政分工的决定．对党委和校长的工作作了明确分工，从而使学校的工作分为党、政两大系统运行。从8月份起，实行医德医风、医疗质量三级考核评审制度。同年12月，学校基于事业的发展而报请湖南省政府、国家卫生部同意，国家教委批准，更名为湖南医科大学。第二天，在校庆73周年之际，正式举行了挂牌仪式。
当年，学校引进高校毕业生189人、中专毕业生130人，其它各类人员130人。选派了78人赴国内进修培训。完成了技术职务、聘任增资、工资微调等增资工作。在职称改革中，继续完成了定编、定岗、定工作量、定职责等任务，发出了全校13个专业技术职务系列3445人的聘书聘约。经卫生部批准实行了校长负责制。
学校为加强外事工作，扩大对外交流，召开了首届外事工作会议。是年，学校邀请、接待了来自美国、英国、澳大利亚、瑞典、加拿大、香港等国家和地区的96位外宾，进行了43次学术讲座，听课人数逾两千，作实验技术示范5次，手术示范6次；聘请了6位外国专家任学校的名誉教授或医学顾问。此外，还获得丹麦政府出口信贷和赠款混合使用的贷款70万美元。
1996年9月通过立项审核进入国家“211工程”重点建设行列，由国家卫生部和湖南省政府共建。
2000年4月，为顺应中国高校教育改革潮流，原中南工业大学，长沙铁道学院与原湖南医科大学合并为中南大学，并组建中南大学湘雅医学院。4月29日中南大学组建后，11月起，更名为中南大学湘雅医学院。
2014年10月18日，中南大学湘雅医学院将迎来百年华诞。学生作为主体全面参与策划、组织以及实施的整个过程。
