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自1952年全国高校院系调整后，东南大学就开始招收研究生，20世纪50年代后期至60年代初期共招收研究生117人，1978年恢复招收研究生。
1981年实施学位条例后，首批获学士、硕士、博士学位授予权；首批建有博士后流动站的单位；首批进入国家“985工程”和“211工程”；2017年进入一流大学建设高校A类名单；是自行审批博士和硕士学位授予权、自行审定增列博士生指导教师的试点单位；首批获准招收和培养工程硕士生；首批获准开展工程博士专业学位授予工作。
1986年4月经国务院批准试办研究生院，1996年3月经国家教委批准，正式建立研究生院。东南大学与国内许多重点高校一样，已成为我国研究生教育与培养的一个重要基地。
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