根据上述职责，省农业厅设18个内设机构：
（一）省畜牧兽医局。
负责动物防疫、防疫监督、动物及动物产品检疫、兽药残留监督、饲料质量安全监督的指导和管理工作；依法实施种畜禽、牧草、饲料、饲料添加剂、动物防疫条件许可及监督管理；负责奶畜饲养和生鲜乳生产环节、收购环节的监督管理；负责兽医医政、兽药药政工作；承担畜禽遗传资源和牧草地资源保护工作。
（二）办公室。
负责文电、会务、机要、档案等机关日常工作；承担信息、安全、保密、信访、新闻宣传、政务公开等工作；负责重要文稿起草工作；承担行政审批综合办理有关工作。
（三）政策法规处。
组织开展农业和农村经济社会发展重大问题研究，提出农村经济社会发展战略和推进“三农”工作的政策建议；组织拟订农业产业政策，提出农业产业保护和发展的政策建议；起草有关地方性法规、规章草案，承办有关行政复议和行政应诉工作；组织开展农业行政执法体系建设、农业法制宣传教育和培训工作；综合分析和反映“三农”工作动态和信息，总结推广“三农”工作先进经验。
（四）发展计划处。
拟订农业和农村经济发展战略、发展规划和年度计划；承担农业专项资金管理、农业固定资产投资的相关工作；承办组织实施农业部农业综合开发项目的有关工作；组织农业资源区划工作，引导农业结构调整。
（五）农村经济体制与经营管理处。
研究提出稳定和完善农村基本经营制度的政策建议，协调农村土地承包、耕地经营权流转和承包纠纷仲裁管理；提出农业产业化经营发展、现代农业园区建设的政策措施，协调农业产业化经营和农业现代化建设；拟订促进农产品加工业发展的规划和政策措施并组织实施；承担减轻农民负担和村民“一事一议”筹资筹劳监督管理工作；参与农村综合改革和社会事业发展工作。
（六）市场与经济信息处。
提出主要农产品价格和重要农业生产资料价格政策建议；承担种植业统计有关工作，收集、发布农业和农村经济信息；拟订农业和农村经济信息体系建设规划并组织实施；承担拟订农产品专业批发市场体系建设规划的相关工作；组织协调菜篮子工程建设；承担培育、保护和发展农产品品牌的有关工作。
（七）交流合作处。
开展农业对外交流与合作；协调农业企业境外投资、农业招商引资和农产品出口基地建设；协调海峡两岸农业合作试验区、台湾农民创业园等园区建设；组织协调农业会展、洽谈会、论坛等活动；协助有关部门组织实施农业援外项目。
（八）科技教育处。
拟订农业科研、教育、技术推广及其队伍建设的发展规划和政策措施；承办实施科教兴农战略工作；承担现代农业产业技术体系、技术推广体系建设相关工作；组织实施农业科研、成果转化、科技示范、技术推广；组织引进国外农业优良品种与先进技术；承担农业科技成果的管理、农业植物新品种保护、农业转基因生物安全的监督管理工作；协调外来物种的管理；协调农业教育培训体系建设，参与农村劳动力转移就业培训工作。
（九）种植业管理处（省发展南亚热带作物办公室）。
拟订种植业发展规划和政策措施并组织实施；指导种植业结构和布局调整及标准化生产工作；组织实施种植业相关生产建设项目；协调农作物新品种和适用先进技术的引进、推广工作；收集、发布农情信息，组织抗灾救灾和救灾备荒种子、化肥等生产资料的储备和调拨；组织肥料、农药、种子等产品的质量监督、检验、登记；牵头拟订农田基本建设规划并组织实施；协调发展节水农业工作；拟订南亚热带作物发展规划并组织实施。
（十）农业机械化管理办公室（农业机械安全监督管理办公室）。
拟订农业机械化发展规划和政策措施；协调农机引进、示范、推广、培训工作；组织拟订农机作业规范和技术标准；实施农机产品的试验、鉴定和认证管理；协调农机推广体系和社会化服务体系建设；承担农业机械化、农机事故统计；依法组织实施农机安全监理和质量监督，协调农机安全生产；承担对拖拉机、联合收割机等农机驾驶培训机构的资格管理。
（十一）农村经济组织管理处。
拟订农村经济组织发展规划和政策措施；协调、监督农村集体经济组织的建设与改革；协调农村集体资产经营管理工作；协调农业社会化服务体系、农民专业合作组织的建设和发展；组织开展农村集体经济统计工作。
（十二）农业应急管理办公室。
组织编制、检查和督促实施农业突发公共事件应急各专项预案；协调处置农业突发公共事件；组织实施农业突发公共事件的预防预警、应急演练、应急处置、调查评估、应急保障工作；协调市县农业应急工作；牵头协调直属单位及农业行业安全生产工作。
（十三）农产品质量安全监管处。
组织开展农产品质量安全风险评估，依法管理农业标准化工作，组织实施农产品质量安全监测和信息发布工作；组织、指导农业检验检测体系建设和机构考核工作；依法组织实施符合农产品质量安全标准的农产品认证和监督管理有关工作；承担农产品质量安全监督管理有关工作。
（十四）财务与审计处。
提出扶持农业农村经济发展的财政、信贷等有关政策建议；编报部门预算、决算并组织执行；协调中央财政专项资金管理的相关工作；指导农业行业和直属单位的财务管理与审计工作；指导、监督直属单位国有资产、政府采购管理工作；组织开展内部审计。
（十五）人事处（与直属机关党委办公室合署）。
负责机关和直属单位的人事管理、机构编制、劳动工资和计划生育等工作；会同有关部门依法实施农业农村人才专业技术资格和从业资格管理；负责机关和直属单位的党群工作。
（十六）离退休人员服务处。
负责机关和指导直属单位的离退休人员服务工作。
（十七）监察室。
主要职责：负责厅机关、直属单位和省纪委、省监察厅授权管理单位的纪检监察工作。
（十八）党委办。
