1982年至1985年，“六五国家棉花育种攻关”低酚棉育种专题，参加
1986年至1990年，“七五国家棉花育种攻关”低酚棉育种专题，参加，1988年后主持
1991年至1995年，“八五国家棉花育种攻关”低酚棉育种专题，专题主持人
1996年至2000年，“九五国家棉花育种攻关”抗虫棉育种专题，主持
1995年至1997年，农业部发展棉花生产专项基金--低酚棉新品种筛选，主持人
1996年至1998年，中华农业科教基金项目--双价抗虫基因导入研究，主持人
1998年至1999年，中国博士后科学基金--棉酚在植株体内的形成机理研究，主持人
1998年至2000年，浙江省科委项目--早熟棉新品种改良研究，主持人
1999年至2001年，浙江省自然科学基金--棉花子叶色素腺体形成的分子标记研究，主持人
1999年至2002年，国家自然科学基金重点项目--棉花品质、产量和抗性的分子标记与基因定位研究，协助主持
2000年至2002年，国家自然科学基因--棉花抗萎病性的分子标记与辅助育种，主持人
2001年至2003年，农业部发展棉花生产专项资金--棉花特异种质资源的创造，主持人
2001年至2005年，863项目子项目年，专用棉育种技术与新品种选育，参加
2002年至2005年，863项目年，棉花雄性不育系与三系杂交棉选育，主持
2003-2005年，863专项年，棉花分子标记辅助育种研究，主持
2003年至2005年，国家自然科学基金年，棉花花药迟熟突变体性状的遗传与应用，主持
2005年至2007年，国家自然科学基金年，棉花抗草甘膦突变体的遗传机理及其在杂交棉制种中的应用，主持
2005年至2009年，国家973项目年，棉花纤维品质性状的功能基因与分子改良研究，课题主持人
2002年至2005年，浙江省重点课题年，三系杂交棉新组合的选育，主持人
2003年至2005年，浙江省重点课题年，棉花抗黄萎病分子标记育种研究，主持人
2004年至2006年，浙江省重点项目年，非转基因抗草甘膦棉新品种选育与应用，主持人
2003年至2005年，国家农业成果转化基金年，优质多抗棉花新品种浙905的试验与示范，主持人
2003年至2005年，国家重大成果推广项目年，优质多抗棉花新品种浙905的扩繁与推广，主持人
2004年至2006年，国家农业成果转化基因年，抗草甘膦杂交棉制种技术的试验与示范，主持人 （一）获奖成果
项目名称：亚洲棉（A）与比克氏棉（G）人工合成[AG]复合染色体组新棉种研究
获奖级别：国家发明三等奖（第四发明人）
获奖时间：1995年12月
项目简介：棉花除生产大量优质天然纤维外，其棉仁中富含蛋白质和脂肪，其中蛋白质含量高达43~45%，是一项可贵的食用蛋白质资源，但由于棉籽中含有色素腺体和对人和单胃动物有毒的棉酚及其衍生物，其优质的蛋白质资源不能食用。无色素腺体棉品种虽全株无色素腺体，其种仁棉酚极低而可安全食用，但同时又因含酚量低而失去对多种病虫害的拮抗作用，使低酚棉的种植受到限制。原产澳大利亚的二倍体野生棉种比克氏棉（Gossypium bickii Prokh，G染色体组，2n=26）具有一种特殊的子叶色素腺体延缓形成性状，即种子无色素腺体，但种子萌发以后的子叶、下胚轴和植株其它器官和组织均出现含有棉酚的色素腺体。因此，如能将该性状转育给栽培陆地棉（G.hirsutum L.），育成具有种子无色素腺体、植株有色素腺体性状的陆地棉品种，则可以结合低酚棉和有酚棉的优点，在不降低对棉花病虫害抗逆性的前提下，生产出无色素腺体、棉酚含量极低的种子供综合利用，以提高植棉的经济效益。
该成果是国家自然科学基金项目—野生比克氏棉子叶腺体延缓形成特性研究课题，编号39070564。主要应用植物染色体工程技术将同源二倍体A染色体组的亚洲棉与G染色体组的野生比克氏棉杂交成异源二倍体，经染色体加倍和生根诱导，育成可育的[AG]异源四倍体—亚比棉，为棉属增加了一个新的[AG]复合染色体组，丰富了棉花的遗传资源。该资源保留了比克氏棉的种子无腺体植株有腺体的特点，其棉仁无棉酚可直接食用（无需脱毒），棉株又高含棉酚，高抗病、虫、鼠、免等的为害，对于棉籽蛋白质的综合利用和提高棉株自身抗逆性具有重要的意义，为国际首创研究成果。合成的[AG]复合染色体组新材料在自然条件下可以自我繁殖群体，性状一致，具有物种的稳定性；染色体核型和染色体组分析表明，该材料具有物种的独立性，可为棉种起源和进化研究提供科学的依据。该材料及其染色体工程技术已供棉花育种广泛应用。
项目名称：四种专用棉新品种选育技术
获奖级别：河南省科技进步三等奖（第三完成人）
获奖时间：1996年12月
项目简介：四种专用棉花包括抗虫棉、低酚棉、耐旱碱棉和长绒棉。选育并推广这四种专用棉新品种对于提高植棉经济效益、降低植棉成本、提高棉花产值等具有重要的经济、社会和生态效益。然而，这些专用棉种质资源普遍存在着专用性状与不利的农艺和经济性状的相关性，传统的育种方法难于从根本上改良这些专用棉品种的生产性能。因此，专用棉的推广受到一定的限制。
该成果是国家“八五”攻关项目——专用棉花新品种选育专题的主要内容。通过五年的协作攻关，从提高专用棉的生产适应性、抗逆性和纤维品质等方面着手，研制出一套行之有效的专用棉育种技术体系，包括（1）采用专用棉各类型内品种（系）间杂交、复合杂交和改良回交等杂交方法，打破专用棉的专用性状与不利农艺性状和经济性状存在着的不良相关；（2）采用异地选择和鉴定、歧化选择等育种选育技术，提高现有专用棉品种的生产适应性和稳产性；（3）采用连续定向筛选的育种方法，逐步改良专用棉的农艺性状和抗逆性；（4）采用边试边繁、扩大繁殖系数等方法，结合海南加代，加速专用棉的育种进程，以缩短专育棉育种与常规棉育种的差距。
通过这些育种技术的实施，五年内攻关协作组育成并通过审定的四种专用棉新品种28个，新育成的专用棉新品种的产量水平已达到并超过现有常规棉的生产水平，纤维品质优良，抗虫性、低酚性状、抗旱碱性和纤维品质等均达到或超过了攻关要求的指标。由于新品种生产性能的显著提高，四种专用棉新品种得到了大面积的推广，五年内各类专用棉品种推广面积1034万亩，创社会经济效益2.1亿元。此外，专用棉新品种的大面积推广已显示出巨大的社会和生态效益：抗虫棉的推广减轻了棉花主要害虫的为害，节省治虫投入，改善了棉区的生态环境；低酚棉的推动了棉副产品的综合利用和增加了植棉经济效益；而耐旱碱棉的推广直接缓解了棉区益紧缺的水资源矛盾。
项目名称：棉花抗草甘膦突变体及其在杂交棉制种中的应用
鉴定级别：浙江省科技厅成果鉴定（第一完成人）
鉴定时间：2003年4月
项目简介：采用植物组织培养和γ-射线诱变处理，结合定向体细胞和再生植株连续抗性筛选，培育出抗草甘膦除草剂的陆地棉种质系——R1098。遗传试验表明，该材料对草甘膦的抗性是由单一显性基因控制，无细胞质效应，抗性稳定。R1098属中熟陆地棉类型，皮棉产量与对照品种相当，纤维品质属于优质纤维类型，抗枯萎病、耐黄萎病，是一新的优异棉花种质系。该种质系的抗草甘膦特性，在棉花杂种优势利用上具有重要的利用价值。用R1098作父本或将其抗性转育到高优势杂交组合的父本所生产的杂交棉种子，其杂种经除草剂处理后能正常生长发育，而假杂种因不抗除草剂而全部死亡。因此，利用R1098的抗草甘膦这一特点可以用于杂交棉种子和田间纯度快速鉴定，确保杂交棉的纯度，对于杂交棉生产和利用具有重要意义。R1098为非转基因抗草甘膦除草剂的种质系，无环境释放安全性问题。该材料的育成及其在棉花杂种优势中的应用在国内外棉花育种研究领域中尚属首创。
该项研究采用的技术路线新颖，研究方法先进，试验设计合理，分析、鉴定、测试资料完整可靠，创新点突出，总体研究水平达到国际同类研究的先进水平。
（二）新品种选育
品种名称：种子高蛋白低酚棉新品种——中棉所13
审定省市：河北省审定，山东省认定，国家认定
审定时间：河北省1990年，山东省1990年，国家1991年
主要贡献：第二完成人
品种简介：中棉所13是从中151采用系统育种结合抗病筛选育成的低酚棉新品种。1988~1989年河北省低酚棉区试，平均亩产霜前皮棉 64.3公斤，为对照（冀8） 的95.7%，居低酚棉品种首位； 在生产试验中，平均亩产霜前皮棉 76.4公斤，比对照增产4.1%, 居第一位。纤维品质，据北京市纤维检验所1985~1986测定，平均纤维主体长度30.6毫米，单纤维强力3.97克，细度6326米/克，断长25.1千米，成熟系数1.63。棉子含棉酚量0.019%，低于国际卫生组织规定标准。抗病性据本所植保室1986~1987年人工接种病池鉴定结果，属兼抗枯黄萎病类型，抗性优于中棉12。1990年先后经河北及山东两省农作物品种审定委员会审定及认定和国家认定，1986~1989年示范推广累计面积115万亩。
品种名称：低酚棉新品种——中棉所22
审定省市：河北省审定
审定时间：1994年
主要贡献：第一完成人
品种简介：中棉所22是从复合杂交组合7263-4278×[（758×争31）（250×兰5）]中，经多重选择而育成的集丰产、稳产、优质、抗病和早熟为一体的低酚棉新品种。1994年3月通过河北省农作物品种审定委员会审定。全生育期120~130天，铃重5.0g左右，衣分40%左右，子指10.5g。中棉所22的丰产性和稳产性较好，其子棉产量和霜前皮棉产量一般都能超过有酚棉对照品种中棉所12，克服了以往低酚棉品种丰产性和稳产性较差的缺陷。更值得提出的是，中棉所22在丰收年份的实际产量水平较高，丰产潜力较大；而在歉收年份，其产量损失比一般有酚棉和低酚棉品种小，表现出较好的品种适应性。纤维品质据农业部棉花品质监督检验测试中心1986~1993年连续8年的测定结果，2.5%纤维跨长为29.6mm，整齐度54.2%，比强度21.2g/tex，麦克隆值4.6；种子品质经中国农科院棉花研究所种子检验室测定，种仁棉酚含量为0.0051%，大大低于国际卫生组织规定的标准（0.04%）；蛋白质含量为45.34%；脂肪含量32.2%。枯萎病病株率15.7%，病指5.9；黄萎病病株率53.4%，病指20.1，属于抗枯耐黄类型品种。
品种名称：优质多抗棉花新品种——浙905
审定省市：河南省审定
审定时间：2001年
主要贡献：第一完成人
品种简介：优质多抗品种新品种是用花粉管通过法，将苏云菌芽孢杆菌的Bt基因和豇豆胰蛋白酶抑制因子的CPTI基因（双价基因）导入到由复合杂交产生的育种后代，并通过常规育种方法对抗虫性、纤维品质和农艺性状进行提高，最后育成的丰产、优质、高抗棉铃虫和红铃虫的棉花新品种。1999~2001参加河南省棉花区域试验和生产试验，2002年3月通过河南省农作物品种委员会审定。该品种在1999~2000年河南省棉花品种区域试验中，在正常治虫条件下，平均霜前子棉产量215.4公斤/亩，比对照（中棉所19）增产11.8%；平均霜前皮棉82.0公斤/亩，比对照增产6.5%，增产达显著水平。纤维品质由农业部棉花品质检测中心测定，2.5%纤维跨长为 30.16mm，纤维整齐度45.54%，纤维比强度22.4 cN/tex，麦克隆值4.3，属优质纤维类型；抗病性由中国农科院棉花研究所植保室鉴定，平均枯萎病病株率为19.6%，病性指数为8.91%；黄萎病病株率为42.6%，病性指数为28.51%，属于抗枯耐黄类型品种，并具有抗苗病和耐铃病的特性。
品种名称：优质高产耐盐棉花新品种——浙大3号
审定省市：山西省审定
审定时间：2005年
主要贡献：第一完成人
品种简介：浙大3号（原名Z9087）是复合杂交组合{中棉所10号×[（中8×争31）×（250×兰5）]F7}F6中，通过耐盐碱筛选，结合分子标记辅助育种技术而育成的丰产、稳产、优质、耐盐碱棉花新品种，1998年成系，2000~2001年参加品系比较试验，2002年参加河南、安徽和浙江省的多点试验，2003年参加山西省棉花区域试验，2004年同时参加山西省棉花区域试验和生产试验。
浙大3号籽棉产量和皮棉产量较高，丰产和稳产性好。在2000~2001年品系比较试验中平均霜前子棉产量225.8公斤/亩，比对照（泗棉3号）增产15.8%，平均霜前皮棉96.7公斤/亩，比对照增产15.7%，增产达极显著水平；2002年三省多点试验中（5点）平均霜前子棉产量214.3公斤/亩，比对照（中棉所19）增产14.7%，平均霜前皮棉85.4公斤/亩，比对照增产14.4%，增产达显著水平。2003年山西省棉花区域试验中，平均霜前子棉产量245.1公斤/亩，比对照（晋棉31）增产13.1%，平均霜前皮棉98.6公斤/亩，比对照增产32.7%，增产达极显著水平；2004年山西省棉花区域试验中，平均霜前子棉产量213.1斤/亩，为对照的98.48%，平均霜前皮棉84.4公斤/亩，比对照增产11.64%。两年平均霜前子棉产量229.1公斤/亩，比对照（晋棉31）增产5.77%，霜前皮棉91.5公斤/亩，比对照增产22.18%。2004年山西省棉花生产试验中，平均霜前子棉产量204.6公斤/亩，比对照增产9.06%，平均霜前皮棉82.6公斤/亩，比对照增产32.6%，具有一定的生产潜力。浙大3号纤维品质优良。经农业部棉花品种检测中心2003~2004年连续2年的测定结果，平均2.5%的纤维跨长为30.4mm，纤维整齐度84.4%，纤维比强度31.7cN/tex，伸长率6.7%，麦克隆值为4.7，属于优质纤维类型品种。抗病性据中国农科院棉花研究所植保室鉴定结果，浙大3号的平均枯萎病发病率为20.5%，病情指数8.9；黄萎病发病率为38.0%，病情指数18.9，属抗枯耐黄类型品种。2003年山西省区试鉴定结果，浙大3号的抗病性与对照（晋棉31）相同。此外，经浙江萧山和和慈溪海涂地试验表明，以及浙江大学作物科学研究所室内鉴定，浙大3号耐盐性较好，可在0.3~0.4%盐浓度下正常生长，并表现较抗干旱，为耐盐、旱棉花品种类型。
（三）研究论文
1、祝水金、汪若海、陈华、吕昌华， 晚播条件下低酚棉的生产性能研究， 中国棉花， 1991，（1）：
2、祝水金、汪若海、陈华、吕昌华， 抗虫低酚棉育种初报， 中国棉花， 1991，（6）：21～24
3、李炳林、祝水金、王红梅、张伯静， 种子无腺体植株有腺体棉花异源四倍体新种质的育成及研究， 棉花学报， 1991，3（1）：27～32
4、祝水金、王红梅、吕昌华、汪若海， 低酚棉晚播生产性能变化， 中国棉花， 1991，18（1）：
5、祝水金、汪若海、王红梅、陈华， 抗虫低酚棉育种初报， 中国棉花， 1991，18（6）：21
6、祝水金、王红梅、李炳林、张伯静， 比克氏棉子叶腺体延缓发生性状转育研究， 国际棉花学术讨论会文集，北京1994年9月，中国农业科技出版社， 1993，p141～150
7、祝水金， 非洲棉花抗性品种资源， 棉花文摘， 1993，1993，（5）：
8、祝水金、王红梅、宋小轩、吴汉北、李炳林、张伯静， 亚洲棉×比克氏棉异源四倍体子叶腺体延缓发生特性的研究， 棉花学报， 1993，5（1）：31～36
9、Zhu SJ，Li BL, Studies on introgression of glandless seeds- glanded plant trait from G.bickii into cultivated upland cotton （G.hirsutum）。， Coton Fibres Trop.， 1993，58（3）：195~200
10、祝水金、汪若海、王红梅、吴汉北， 我国早熟低酚棉品种资源评述， 作物品种资源， 1994，（3）：18～19
11、祝水金， 棉花半配合生殖与单倍体育种， 江西棉花， 1994，（3）：15～18
12、祝水金、汪若海、王红梅， 我国早熟低酚棉新品种资源评述， 作物品种资源， 1994，（3）：18～19
13、祝水金、汪若海、王红梅， 低酚棉新品种－中棉所22, 中国棉花， 1994，21（12）：23
14、祝水金， 植物同倍种间杂交进化的实例－比克氏棉， 中国棉花， 1994，21（4）：31
15、祝水金、王红梅、吴汉北、李炳林、张伯静， 有酚与低酚陆地棉配制的种间三元杂种腺体遗传性状的研究， 棉花学报， 1994，6（增）：19～24
16、祝水金、汪若海、王红梅、吴汉北， 低酚棉棉铃虫防治效果及其原因分析， 棉花学报， 1994，6（增）：84～85
17、祝水金、汪若海、王红梅、吴汉北， 低酚棉棉铃虫发生与防治效果研究， 中国棉花， 1995，22（1）：16～17
18、祝水金、汪若海、季道藩，1995, 棉属分类及其染色体组研究进展， 棉花学报， 1995，7（3）：1～6
19、祝水金、李炳林、汪若海、张伯静、王红梅， 亚洲棉、比克氏棉和海岛棉种间杂种的合成及性状研究， 棉花学报， 1995，7（3）：160～163
20、祝水金、汪若海、王红梅、吴汉北， 陆地棉显性无腺体近等基因系的培育， 中国棉花， 1995，23（9）：14～15
21、祝水金、汪若海、王红梅、吴汉北， 显性无腺体性状对陆地棉主要经济性状的影响， 江西棉花， 1995，（2）：15～17
22、祝水金、汪若海、王红梅、吴汉北， 法国低酚棉品种资源引种简报， 中国棉花， 1995，22（2）：24
23、祝水金、汪若海、王红梅、吴汉北， 棉铃虫在低酚棉上的取食习性与防治效果研究， 新疆国际棉花学术讨论会文集中国农业出版社， 1995，p.133
24、祝水金、汪若海、季道藩， 植物蛋白酶抑制因子及其在抗虫基因工程中的应用， 生物技术， 1995，5（3）：1~5
25、祝水金， 中国棉花生产的现状、问题和对策， 国际棉铃虫抗药性学术讨论会北京， 1996年10月8日~12日；[40e]：英文
26、祝水金， THE STATUS， PROBLEMS AND COUNTERMEASURES OF COTTON PRODUCTION IN CHINA, 国际棉铃虫抗药性学术讨论会北京， 1996年10月8日~12日；[40e]：英文
27、祝水金、季道藩， 棉花抗虫基因工程研究进展， 生物工程进展， 1997，16（1）：36~39
28、祝水金， 五个澳洲野生棉种的核型研究， 棉花学报， 1997，9（5）：248~253
29、祝水金， 五个澳洲野生棉种色素腺体和棉酚性状研究， 棉花学报 , 1997，9（2）：84~89
30、祝水金， 五个澳洲野生棉种植株形态性状与叶片过氧化物同工酶谱研究， 西北植物学报， 1997，17（4）：433~438
31、祝水金， 五个澳洲野生棉种的种子营养成份分析， 作物品种资源， 1997，3：
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61、栾启福、祝水金， 陆地棉重组近交系HM188及其性状表现， 棉花学报， 2003,15（4）：
62、祝水金、汪静儿， 棉花抗草甘膦突变体筛选及其在杂种优势利用中的应用， 棉花学报， 2003,15（4）： 227~230
63、高燕会 祝水金 季道藩， 四种栽培棉合成的四元杂种F1细胞遗传学研究， 棉花学报， 2003,15（5）： 259~263
64、王世恒、祝水金、张雅、王艳芳， 航天搭载对茄子SP1生物学特性和SOD活性的影响， 核农学报， 2004,18（4）303~306
65、祝水金、高燕会、房卫平、季道藩， 抗黄萎病低酚棉种质系中5629的选育与抗性机理研究， 棉花学报， 2004，16（5）：307~312
66、祝水金 Reddy Naganagouda蒋玉蓉 季道藩， 陆地棉子叶色素腺体延缓形成种质系的育成及其遗传研究， 科学通报， 2004,49（19）：1987~1992
67、Zhu SJ, Reddy N, JiangYR, Ji DF, Breeding, introgression and inheritance of delayed gland morphogenesis trait from Gosspium bickii into upland cotton germplasm, Chinese Science Bulletin, 2004,49（23）： 2470~2467
68、Reddy N, Zhu SJ, Jiang YR, Tong XH. Pollen tuble pathway mediated genetic transformation of cotton. Proc. of International Symposium on “Strategies for Sustainable Cotton Production – A Global Vision” I. Crop Inprovement.Dharward, India, 23-25, Nevember 2004.
69、Zhu SJ, Jiang YR, Reddy N, Ji DF, Study on the introgression method for the delayed pigment gland morphogenesis gene from Gossypium bickii into Upland cotton （G. hirsutum），Plant Breeding, （2005, in press）
70、蒋玉蓉 房卫平 祝水金 季道藩， 陆地棉植株组织结构和生化代谢与黄萎病抗性的关系， 2005, 作物学报， 2005,31（3）
71、高燕会 祝水金 季道藩， 四个栽培棉种间的杂种F1细胞遗传学与亲缘关系研究，遗传学报， 2005, 32（7~8）
72、Reddy N, Zhu SJ Patil VC, Planting to catch more sunlight, Leisa, 2005,21（1）：7
73、马啸，祝水金，丁伟，张永强， 美洲商陆粗提物对烟草花叶病毒的控制作用，西南农业学服， 2005，18（2）：168~171
（四）出版著作
1.遗传学实验指导（面向二十一世纪课程教材）。中国农业出版社，2005（主编）
2.短季棉育种。中国农业出版社，2005（合著）
3.植物生物技术。科学出版社出版，2004（合著）
4.棉花遗传育种学。中国农业出版社，2002（合著）
5.作物育种学（面向二十一世纪课程教材）。中国农业出版社，2002（合著）
6.农业百科全书。作物卷。棉花。中国农业出版社，2002（合著）
7.农作物种子生产和质量控制技术。浙江大学出版社，2001（合著）
8.当代世界棉业。中国农业出版社，1995（合著）
9.无腺体棉育种与棉籽综合利用。农业出版社，1988（合著）
