马祖列岛位于台湾本岛西北方，隔海与大陆闽江口、黄岐半岛及罗源湾相望。列岛北起东引乡北岸（26度23分）；南到莒光乡林拗屿南岸（北纬25度56分）；极东东引乡世尾山东岸（东经120度30分）；极西为南竿乡津沙村西岸（东经119度51分）。马祖行政中心南竿距离台湾约114海浬，离金门152海浬、澎湖180海浬，与闽江口相距约54海浬。
昔日马祖列岛是台湾的前线，极具战略价值，今日则由于开放小叁通，已经成为两岸交流的平台与桥梁。
莒光乡位于马祖列岛最南端，主要由东、西两岛所组成，东莒岛面积2.64平方公里，略大于西莒岛（2.37平方公里）；附近的无人岛礁，最东、最北为大屿，最西为蛇山，最南为林坳屿。莒光乡东临东海，西邻福州长乐机场，北接南北竿列岛，南与平潭岛遥遥相望。
昔日莒光乡属大陆福建长乐县管辖，如今，每当天气晴朗之际，站立在东、西莒山头，可以清楚望见长乐机场的班机起降，尤其入夜之后，长乐机场班机进场、离场的光影之美，已经成为游客不可错过的“一景”。
在地理的距离上，西莒岛坤丘澳口距南竿岛马祖港约18000公尺，东、西莒两岛的距离约只有3000公尺。在交通船航程上，从南竿福澳港登上顺风号快轮，约50分钟可以抵达莒光乡；东、西莒之间的交通船，航行时间约只需10分钟左右。 马祖列岛的地质为花岗岩锥状岛屿，地势起伏大且陡峭，在莒光乡的东、西两岛中，西莒尤其明显。由于海岸花岗质岩石受风化及波浪侵蚀，多形成崩崖、险礁、海蚀洞、海蚀门等地形，部分湾澳经过冲积与堆积作用形成沙滩、砾石滩、卵石滩。这些多变的海蚀地形与潮间带，不但是莒光乡的观光资源，更是民众采拾贝类，赖以维生、提供休闲的最佳场所，当地居民常以“我家冰箱在海边”引以为荣，可见本乡海岸资源之丰富。
西莒列岛由西莒本岛、蛇山所组成，面积2.38平方公里，是马祖四乡五岛最小的岛屿，从地图平面上看来像一倒叁角形，极西的蛇山，是公告的燕鸥保护区，退潮时，与坤丘沙滩相连，是观赏燕鸥、欣赏夕阳、戏水采贝的最佳游憩胜地。 西莒的主峰白犬山又称“西路山”，标高203公尺，是全乡最高山，其次为标高182公尺的武士岭，也在西莒，登临其上，极目眺望，海阔天空。西莒岛东北面的菜埔澳，海崖垂直陡峭多节理，由于受到长期风化、侵蚀，以及海浪长期拍打，地貌诡谲多变，石骨鳞峋，也是西莒著名的景点之一。
东莒地形略显南北狭长，除了本岛以外，外围尚有林坳屿、犀牛屿、永留屿及大屿，总面积2.86平方公里，稍大于西莒。由于地势较平坦，从闽江水流出的河沙堆积而成的猛澳沙滩，不但是东莒的海运\门户，也是观光胜地；岛上的福正村，潮间带广阔，适合戏水采贝，尤其以东莒花蛤，最负盛名。东莒最高山为东犬山又称为“佬头山”，标高120公尺。岛的东北端有一座灯塔山，标高64公尺，山巅有一座兴建于清同治年间的英式灯塔，是一座国家二级古迹，也是观光客必访的观光景点。
莒光乡的地质景观丰富而多变，东、西两岛都拥有洁白细致的沙滩、广阔的潮间带、陡峭雄伟的海蚀地形，以及附近海域星罗棋布的无人岛礁，登临岛上，无论晨间或傍晚，海天与沙滩、湾澳、岛礁相连，地景之美，美不胜收。
