中华全国工商业联合会的组织结构遵循民主集中制，主要分为全国、地方和基层三个层次。全国组织为中华全国工商业联合会，省、自治区、直辖市及新疆生产建设兵团工商业联合会为地方组织，县级及地级市的工商业联合会和商会构成基层组织。此外，还有按行业设立的同业公会或行业商会，由同级工商业联合会管理。
各级工商业联合会的最高权力机构是会员代表大会或会员大会，每五年召开一次，可提前或延期。大会由执行委员会召集，主席团在大会期间主持。代表通过协商推选产生，名额和分配由执行委员会决定。执行委员会在代表大会闭会期间行使领导职能，负责执行决议、审议工作等，每届任期五年，每年召开全体会议一次。常务委员会在执行委员会闭会期间行使相应职权，委员任期与执行委员会相同，每年召开两次会议。
主席和副主席组成主席会议，负责研究和决定重要事项，副主席分为专职和兼职，有任期限制。地方工商业联合会的秘书长由执行委员会选举产生，是常务委员会和主席会议的成员。组织结构的调整需经常务委员会通过并提交执行委员会确认，新设联合会需报上级批准并备案。
会长和副会长的产生通常由工商业联合会主席、专职副主席、前任兼职副主席以及符合条件的非公有制经济代表人士担任，非公有制经济代表人士的任职原则上有任期限制。中国民间商会的副会长职务同样遵循这些规定。
《中华全国工商业联合会章程》在中华全国工商业联合会第十次会员代表大会修改，2007年11月19日通过。本会按照充分尊重、广泛联系、加强团结、热情帮助、积极引导的工作方针，教育会员坚决拥护中国共产党的领导、坚定走中国特色社会主义道路，组织会员积极投身社会主义经济建设、政治建设、文化建设、社会建设，为促进祖国统一，为把我国建设成为富强、民主、文明、和谐的社会主义现代化国家而奋斗。