劳动者违法自离，给用人单位造成经济损失的应当承担赔偿责任。通常劳动者旷工三天就属于严重违法公司规章制度，属于可以被公司开除的范围；旷工一天扣两天工资，旷工三天共扣6天工资，占劳动者月工资的20%。在其他法律中也有规定，用人单位没有扣除劳动者工资不得超过20%，扣除后低于所在地最低工资标准的，按照最低标准工资支付劳动者工资。
法律依据:劳动部关于印发《工资支付暂行规定》的通知 第十六条 因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。