在广州开发区国内生产总值中第二产业的份额较重,第三产业仅占小份额,结构以第二产业为主,第三产业为辅。为促进第三产业的发展,广州开发区先后制定了《广州经济技术开发区、广州高新技术产业开发区发展第三产业扶持办法》等政策。2000年,第三产业增加值26.34亿元,占区国内生产总值的18.69%。主要的三产行业是国际贸易、金融服务、科技咨询、通讯、信息、房地产等。商业、服务业进一步发展,区内有批发零售业、饮食业、服务业网点600多个。2000年,广州开发区商业、服务业营业(销售收入)额123.63亿元,比上年增长68.37%。金融业发展迅速,区内聚集了6家银行,1家保险公司。广州开发区口岸累计进出口集装箱4万标箱,散货3.89万吨,货运总收入1447.5万元,出入境旅客累计达9.8万人次。