毕业论文不仅应有正确的立意，还要求结构合理，格式规范。毕业论文不仅要做到“言之有理”“言之有物”,还要做到“言之有序”，常见的结构方面的问题有以下几种。
1.结构缺失、失衡
毕业论文要浑然一体，布局完整。但有的毕业论文开头既没有说明课题的来源或者研究目的、意义，也不交代研究的方法和调查的手段，-开始就列举大量事实和数据，让人觉得“没头没脑”.有的结论部分没有个人的观点和见解，缺乏必要的分析和评论。还有的论文结构失衡，如该详细的不详细，该简略的却又过于冗长;对中心论点的论证不充分，而对其他分论点却津津乐道。这些问题的出现，就会使得毕业论文的结构不完整，失去平衡。
2.结构松散，缺乏条理
毕业论文要有层次、有条理。自然界或社会上的事物之间有各种不同的关系，反映这种关系的材料之间也有各种不同的关系，如平行关系、递进关系、对立关系、接续关系等。总之，理清了事物之间的相互关系，并在结构上体现出来，文章的眉目就清楚了。
但有的毕业论文内容上东拼西凑，层次既不遵循各部分内在逻辑顺序，也不符合作者和读者的认识规律;有的缺乏总体布局观念，写作时任笔端自由驰骋，就会出现前后不衔接，甚至前后重复、矛盾，或颠三倒四、东拉西扯，上下两段明显地割裂开来，缺少自然的过渡，使人感到生硬和意思不连贯。有的论文分段太长，甚至一连几页也不分段，显得层次不明，阅读起来比较费力。
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