余姚市国家税务局内设8个行政科室，级别为正股级。具体机构设置及职能如下：
1、办公室
制定年度工作计划，处理日常政务，起草和审核有关文件和报告；负责会议组织、秘书事务、文电处理、文书档案、信访、机要保密、调研、政务信息和外事工作；负责组织税收科研、学术交流和科研成果的鉴定、评选、推广及奖励工作；负责税收新闻和税收宣传；制定办公规章制度；负责办公自动化的推广应用；负责本系统目标考核及督查督办工作；办理人大代表建议和政协委员提案；协助局领导对有关工作进行综合协调。
拟定局机关后勤服务和相关行政事务的具体实施办法并组织实施；负责局机关综合治理工作；负责局机关办公物品的采购、保管、分配和维修工作；负责局机关房产管理、安全保卫、医疗保健等工作；负责局机关装备管理。
2.人事教育科（监察室）
负责执行人事管理制度；负责机构、编制、干部任免、人员调动、劳动工资、人事档案管理、专业技术职务等干部人事管理工作；负责教育培训和组织实施；负责离退休干部的管理和服务工作；负责本系统精神文明建设、政治思想工作和基层建设；负责机关党务、工会、青年、妇女工作。
负责本系统工作人员贯彻执行党和国家的路线、方针及税收执法权和行政管理权的监督检查；负责本系统党的纪律检查、行政监察和党风廉政建设；负责执法监察和纠风工作；负责本系统干部职工信访举报、违法违纪案件的查处工作。
3.政策法规科
负责流转税、所得税、车购税等税种税政业务并对其执行情况进行监督检查；拟定有关流转税、所得税征收管理的具体办法；管理增值税专用发票；负责金税工程流转税业务的管理及推广应用工作。
进行有关政策法规的调查研究和宣传培训；负责贯彻、建立和推行规范税收执法的规章制度；负责税收资料调查工作；负责组织对税收法律、法规执行情况进行监督检查；承办重大税收案件审理的日常工作；负责税收行政诉讼、听证和赔偿等涉税法律事务；负责规范性文件的会签把关、税收检查案件的复查复审以及配合审计、财政监督等部门的外部监督工作。
4.计划统计科
负责税收计划管理、税收会计、统计和信息数据的分析汇总工作；承担纳税人申报纳税信息的集中处理和会统核算工作，组织并检查税款入、退库；负责对重点税源、行业税源、区域税源的综合税源分析；负责欠税公告数据的收集与核实；负责税款缓缴、呆帐税金、死欠税款核销管理工作；负责对税收票证的管理。负责本系统经费、财务、基本建设的管理工作；组织内部审计和政府采购工作；负责对所属单位的财务管理和监督。
5.税源管理一科
组织实施综合性税收征管法律、法规和规章制度并制定综合性税收征管制度和办法；负责并指导纳税服务工作的开展；负责税收登记等税收资料的管理；负责普通发票的管理；负责组织征管软件和除涉及增值税防伪税控以外的税控器具的推广和应用工作；牵头对征管质量的综合考核；指导个体工商户和集贸市场税收征管；组织开展社会性协税护税活动；负责税务代理工作的监督、管理、指导；负责税收征管档案管理。
6.税源管理二科
负责本辖区内纳税评估工作的组织、协调、实施工作；负责本辖区内行业税负综合分析评价和动态监控；负责开展典型调查，建立行业评估分析数据模型，提出评估预警指标；负责对市局相关部门拟定的评析指标的反馈建议；负责专项纳税评估及日常评估的数据分析、对象确定、认定处理和成果管理等环节工作；负责指导、考核基层分局纳税评估工作。
7.税源管理三科
负责国家进出口税收政策及管理办法的贯彻落实及日常监督检查工作；负责所辖区域内生产企业退免税的审核审批、年终清算工作；负责对所辖区域内外贸企业及各种特准货物退免税申报的审核和确认及年终清算；组织落实本地出口货源征税情况并负责对外复函；负责出口货物退免税信息化管理系统的推广和维护工作；负责进口代征税的统计及边境贸易进口税收政策的监督管理。
8.税源管理四科
负责外商投资企业所得税政策；负责管辖区域内外商投资企业的反避税和审计规程工作；负责对税务分局管辖区域的外商投资企业税收业务指导；负责除税务分局以外的管辖区域外商投资企业的税收管理职责。 余姚市国家税务局设置的稽查局为正股级直属机构。稽查局内设机构6个，具体为综合选案股、案件审理股、案件执行股、检查一股、检查二股、协查股。
其主要职责：组织贯彻税务稽查规章制度，拟定具体实施办法；负责稽查选案、检查、审理、执行工作；负责税收举报案件的受理、上级交办、转办及征管部门移交的有关税务违法案件的查处；负责稽查大要案的剖析，并提出税务稽查建议；负责上级稽查局对稽查情况进行复查复审工作的组织与配合；负责与同级公安、检察、法院协调税务稽查中的司法工作；负责增值税专用发票和其他抵扣凭证涉税问题稽查和协查；牵头组织税收专项检查和整顿规范税收秩序工作。 税务分局为非全职能机构，是上级税务机关的派出机构，按行政区划设置，级别为副科级。余姚市国家税务局设置的税务分局为：城区税务分局、泗门税务分局、丈亭税务分局、梁弄税务分局。
税务分局的主要职责是税源管理，承担办税服务厅及税收管理员工作职责。负责办理各类涉税事项；负责对所辖税源（含重点税源）的日常监控管理；负责对辖区内纳税人实行分类管理和服务；负责所辖纳税人税务登记、纳税申报、资格认定、税收优惠、行政许可等涉税事项的调查核实；负责税收分析、税收宣传、约谈辅导、纳税服务、日常检查、户籍管理、政策送达、税源调查、定额核定、催报催缴、数据采集分析、发票协查及处理一般性违规违章行为等；配合上级局纳税评估工作，并负责对已列入日常评估对象的纳税人实施评析、约谈辅导、举证确认工作；负责对纳税评估结论执行情况的追踪核实。 余姚市国家税务局设置信息中心，级别为正股级。
信息中心负责组织税收管理、综合行政管理等信息系统建设；执行信息系统管理制度和技术标准，建立、管理和维护计算机网络与涉税信息等综合数据库；参与组织应用软件开发和税控器具的推广、应用及技术培训；根据工作需要，对征管数据进行质量审核、加工处理、综合分析等；负责网络及系统安全管理工作；负责计算机设备的维修、维护、调配管理。
