2023年穗莞深城际铁路站点为：新塘、中堂、望牛墩、望洪、洪梅、沙田、厚街、虎门火车站、虎门商贸城、长安厦边、长安金沙、海上田园、和平、机场北、机场东。
穗深城际铁路莞深主线位于狮子东岸城镇地带，为穗深城际铁路市郊段。线路北起广州市增城区新塘镇新塘南站，向北分岔出新白广线和广深铁路联络线，向南上跨广深铁路通道主路段；向南进入东莞市境内，跨过东江下游末端河网，沿狮子洋东岸南行依次经中堂镇、望牛墩镇、洪梅镇和沙田镇；折向东进入地下至厚街镇，向南下穿虎门镇.
穗深城际铁路广深共线位于广州市主城区东部，为穗深城际铁路进城段。线路从新塘南站引出，向北直角上跨新白广线折向西后并入广深铁路Ⅲ、Ⅳ线；奥体中心和石牌村设站，最后接入广州东站；由西向东依次串联天河区、黄埔区和增城区；该路段与广九铁路、广深铁路、广梅汕铁路和广汕高速铁路并行。
设备设施和运营情况：
截至2019年，穗深城际铁路营运车辆为和谐号CRH6A型电力动车组，车身涂装深蓝色腰带，构造速度200千米/小时，全列车厢定员530人，最大搭载量1427人。穗深城际铁路搭配CTCS-2+ATO列控系统，可通过无线网络进行车地通信，实现列车自动驾驶、自动调整运行时分、自动控制车门以及站台屏蔽门等功能，既降低司机驾驶疲劳强度，又减少能耗、提高行车效率。
2019年12月15日，穗深城际铁路广州东站至深圳机场站区间开通运营，石牌站、天河东站暂不启用。运营初期，穗深城际铁路每日最多开行37趟动车组列车，其中广州东站往返深圳机场站33趟，新塘南站往返深圳机场站4趟。日常开行动车组33趟，其中广州东站往返深圳机场站29趟，新塘南站往返深圳机场站4趟；广州东站至深圳机场站全程最快行车时间71分钟。
2019年12月15日，穗深城际铁路广州东站至深圳机场站段全线发送旅客1.5万人次。2020年1月10日至16日，穗深城际铁路运送旅客超过10万人次。
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