我在一个朋友的套装门厂定了三百三十几套门，每套950元，当初合同签定对方开发票，负责门的运输和安装。门到货付款80%，安装结束验收后付清余款。最后一批门到货后他要求我给他打个欠条，因为是朋友，并且他是外地的，来一趟也不容易，所以给他写了个欠材料和施工费用52400元的欠条。门是木质的，安装后发现有些门变形，有的打不开，有的关不上。我要求他来维修并开具发票，结果他不声不响起诉了，理由是我欠钱不还。我计划调解的，开庭前也没取证，开庭时对方请了律师并且不同意调解，审判长说关于质量问题可以找工商部门，关于发票问题找税务部门，这些都不归法院管。没办法了我才去取证，给法院送证据的时候审判长说已经开过庭了，不再开庭，不接受我的证据。现在判决下来了，要我付欠条全款并且不负责税票和维修的事，理由是证据不足。由于门变形问题交不了工我请人维修花了2400元，税票费用14000元，使用方扣质保金20000元一年以后无质量问题才付款。
我能不能扣下来维修费用和税金，老百姓找有关部门解决问题很难的，耗不起时间和精力，当初按80%货款的原因就是想让余款应对这些事情。质保金当时合同没写，但材料和施工都是对方的，如有质量问题不应该我一人承担吧？
法院以合同纠纷立的案，判的时候说是债权债务关系，我的官司到底是什么性质，我怎样能一次性解决这所有问题？