峨眉山市发展和改革局根据职能需求，设有六个内设机构，具体分工如下：
办公室负责机关政务协调、目标管理，包括会议组织、督办事项处理、文秘事务、财务管理、档案管理等行政事务，以及新闻宣传和规章制度的制定与执行。它还负责党务群团工作和人事、福利管理，以及离退休人员的管理和服务。
综合规划股兼有国民经济和装备动员办公室职责，主要负责全市经济社会发展规划的拟订与实施，宏观经济分析，国民经济和社会发展计划报告的提交，宏观经济调控的研究与政策建议，以及财政、金融、产业政策的协调和优化。
投资发展股（重大项目管理办公室）负责投资宏观管理和重大项目推进，包括固定资产投资总量调控、行政审批和重大项目计划编制及执行的监督。此外，还负责民间资金引导和国外贷款项目的指导协调。
价格管理股负责价格政策的实施和监管，包括国家、省、市列名商品和服务价格的管理，市场调节价的监管，以及价格争议的仲裁等工作。
经济体制综合改革股（深化经济体制改革领导小组办公室）负责经济体制改革的研究和协调，推进专项改革，以及就业、收入分配、社会保障等社会问题的政策制定和企业深化改革的指导。
政策法规股（国家、省投资项目管理办公室）主要负责推进依法行政，监督行政执法，参与招标投标工作指导和资金管理，以及重大项目稽察计划的拟订和执行。
此外，纪检监察机构和机关党组织按照相关法规设置。